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太平天国的路过和斋桑泊的血腥战斗，当然是奠定了大明帝国在新疆的军事优势。不过要将新疆变成大明帝国的一个省，实行同汉地一样的制度，却不是单凭军事优势就可以达成的。新疆这个地方，终清一世（当然是这个时空的清朝）都是个火药桶，先是准噶尔百年战争，然后是大小和卓之乱，再是张格尔之乱。
而这一回更是乱得出了奇，先是喀什噶尔和卓家族的七和卓（都是大和卓波罗尼都的后人，张格尔和玉素普的子侄）在浩罕汗国的支持下反攻倒算。历史上就有个七和卓之乱，不过没有闹大，这回却借着反清复明战争做大了。一度占有整个新疆，还成立了一个哲德沙尔汗国。
可惜分裂国家的好梦没有做几天，打着十字军旗的太平军就像蝗虫一样浩浩荡荡打过来了，这个什么劳什子汗国当然不是对手，好不容易组织起来的几万人马也让太平军杀了个七七八八，连前来助拳的浩罕、布哈拉、希瓦三汗国的三万人都被赶尽杀绝了。不过新疆的地盘太大，造反派又太多，太平军这回急于过境，杀人也不算多。因而各路牛鬼蛇神还都保存着一些实力。特别是在天山以南地区，原来叶儿羌汗国的地盘上面，七个和卓还据着不少地盘在苟延残喘。
其中卡塔条勒占据喀什噶尔，倭里罕占据了刚刚被西清放弃的叶儿羌，克齐克罕和塔瓦克尔分别占领了和阗的东西两部，萨比尔罕据着天山南麓的库车，阿克恰于领有阿克苏，伊善罕则据有乌什。除了旧土尔扈特部四旗所占有的珠勒都斯河流域，当李鸿章抵达迪化州巩宁城的时候，整个南疆几乎都在和卓家族的控制当中。
除了和卓家族，蒙古人在新疆的势力也不小。北疆原是准噶尔汗国的地盘，在准部灭亡之后不久，原来生活在俄国人地盘上的土尔扈特部、和硕特等部归顺，被清政府置于伊犁、塔尔巴哈台、喀喇沙尔、库尔喀喇乌苏等地。一共置了五盟十四旗。天山南北和伊犁河谷地都有，有些蒙古部落还和h部杂居，不过没有什么来往，关系也不大好。另外，在新疆的伊犁谷地和塔尔巴哈台还有驻防的八旗蒙古，他们和土尔扈特部、和硕特等部不一样，不属游牧蒙古，而是八旗子弟的一部分。不过在朱济世拿到蒙古大汗的名分之后，这些驻防新疆的八旗蒙古也都把自己的旗人身份丢在一边，基本上没有人在追随西清皇帝奕詝了。
而现在李鸿章所辖的明军控制之下的地盘，不过是东疆的哈密、巴里坤、古城、吐鲁番和北疆的迪化州等地。还不到整个新疆地盘的四分之一（当然是清代地图上面的地盘了）。而且这些地盘都是被太平军蹂躏的最厉害的地方，居民被杀戮裹挟了大半，剩下的人对同为汉家政权的大明也没有一分钱好感，明军就是在这样的气氛中开进新疆的。
公元1854年5月1日，大队大队的明军官兵，出现在巩宁的街头。比他们早到个把月的太平军，肩扛洋枪，头裹红布，军容肃整。已经让人觉得气势惊人了。但是现在赶来的明军，更是比太平军看上去还精锐数倍！
任何时候，穿着同一服色的精壮汉子，行进在街头整齐前进，那气势都是惊人的。更不用说这些身穿统一的西式军服，背着一色的背包，肩扛上了刺刀的洋枪，脚下都是漆黑军靴的上万精兵行军的洪流！
这支部队，每一个官兵身上都是锐气十足，队伍迎面而来给人的感觉，就是真正的百战精锐，尸山血海里出来的杀神！是一路从广东杀到东北，再从中原杀到新疆的强兵。让那些有异心的人们，看着他们的身影就不由发抖颤栗！
带领他们来到巩宁的李鸿章当然知道这种感觉是错误的，和他一起入疆的明军第16军是不折不扣的新建番号，从来没有打过仗。现在这样的气势，完全是靠队列训练摆出来的架子。
而他之所以要让这些战士摆出一副杀神的唬人模样，就是为了震慑！为了让这里向来桀骜难驯的百姓用敬畏匍匐的眼光来看待大明！并不是因为李鸿章是一个彻头彻尾的铁血主义者，而是因为没有办法。
大明帝国的财政状况根本不允许在新疆实行任何绥靖和怀柔政策。而且新疆开发公司很快将会成立，来自汉地的移民将要在新疆建立起武装的集体农庄！在这之前，新疆总督府必须初步恢复新疆的社会秩序。
所以明军每到一地，都会举行这种气势惊人的入城式！既然没有施恩的条件，那就让人们感到恐惧吧！
大军行进之下，整个巩宁安静无声。上万人整齐的动作。起落都是一个声音的军靴敲击地面，让整个城市都震惊，都在发抖。因为太平天国的离开，才稍稍惊魂定下的巩宁百姓们都躲进了残破的建筑物里面，呆呆地看着这股可怕的军人洪流。
……
“公爷，有今日这番震慑，迪化州当有三个月的安泰吧？”
在一万明军浩浩荡荡开进巩宁州的时候，李鸿章早已经到了自己的总督衙门里面，正在和几个手底下人谈事情呢。
现在的新疆总督衙门几乎和哈萨克汗国内阁府重叠，在中亚大战分出胜负之前，李鸿章和他的汗国内阁府根本不可能就任，朱济世干脆就先让他们料理新疆的事情了。在李鸿章这个哈萨克汗国的一把手之下，朱济世还给他配了两个副手，还是一文