胡惟庸认罪伏法，代表着一个制度的消失，有了这个结果，虽然比庞煌所熟知的历史推迟了半年多的时间，但依旧不能改变很多很多。
因为有很多事情，都是朱元璋从建立大明的那一刻已经在筹划之中的事情，已经不断的完善了十余年，至少朱元璋自己认为，已经比较尽善尽美，特别是废除了中书省之后，已经可以开始实施了。
胡惟庸死后，一直筹划却迟迟艾艾实施起来很慢的裁撤中书省的事宜，也正式拉开了帷幕。这个朱元璋从蒙元至正二十四年朱元璋称吴王时，仿蒙元旧制，所设的中书省，置左、右丞相（正一品），以李善长为右相国，徐达为左相国。命百官礼仪尚左，改右相国为左相国、左相国为右相国。
洪武元年改相国为丞相、平章政事、左右丞、参知政事，以统领众职。置属官：左右司，郎中、员外郎、都事、检校、照磨、管勾；参议府、参议、参军、断事官、断事、经历、知事；都镇抚司，都镇抚；考功所，考功郎等官员的庞大机构，在朱元璋的压制下慢慢的解体了。
其实在朱元璋当家做主的时间内，他一直没有停止过削减中书省的权力，在十余年的时间内，将都镇抚司改属大都督府，吴元年革参议府。洪武元年革考功所，洪武二年革照磨、检校、断事官。洪武七年设直省舍人十人（寻改中书舍人）。洪武九年汰平章政事、参知政事。
朱元璋曾说：“立国之初，致贤为急。中书纲领百司。”随后，中书省下设四部。分掌钱谷、礼仪、刑名、营造诸务，再改设吏、户、礼、兵、刑、工六部。仍隶中书省之下。
朱元璋说；“国家之事。总之者中书，分理者六部。至为要职。”
又说：“中书，法度之本，百司之所禀承。凡朝廷命令政教，皆由斯出。”由此可见，朱元璋对中书省是极为重视和信任的。然而，中书省的权力既大而又集中，对皇权存在着潜在的威胁。
于是，朱元璋在洪武九年将行中书省改为承宣布政使司之后，洪武十年便下令诸司奏事勿关白中书省。割断了中书省与诸司的联系，限制其权力的行施。
这次胡惟庸所谓的认罪伏诛，朱元璋趁机罢除中书省不设，废除左右丞相及其一切属官，惟存中书舍人，以政归六部。朱元璋诏谕说：“自古三公论道，六卿分职，不闻设立丞相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋虽有丞相。然其间亦多小人专权乱政。今我朝罢丞相，设五府、六部、御史台、通政司、大理寺等署，分理天下庶务，大权一归朝廷。立法至为详善。以后嗣君毋得议置丞相，臣下敢以此奏请的，置之重典。”并下令著于《祖训》。
没有了中书省。为了协调六部之间的工作，所以朱元璋又下旨置判录司。司设判录一人。秩正七品，副判二人。秩从七品，司吏四人。掌在京官吏俸给文移勘合。凡官吏月俸，必于判录司填写勘合文移而后给予。六部凡有支请，亦于判录司填写勘合文移而后给予。
洪武十三年九月十九i，朱元璋命设立四辅官。以儒士王本、杜佑、龚敩为chun官，杜教、赵民望、吴源为夏官，秋、冬官由chun、夏官兼任。朱元璋在敕书中说：“召尔等来朝，命为四辅官兼太子宾客，位列公、侯、都督之次。必yu德合天人，均调四时，以臻至治。”
洪武十三年二十一i，又敕王本等说：“朕尝思之，人主以一身统御天下，不可无辅臣，而辅臣必择乎正士。你们“受斯重任，宜体朕怀，心常格神，行常履道，佐理赞化，以安生民。且卿等昨为庶民，今辅朕以掌民命，出类拔萃，显扬先亲，天人交庆，于戏盛哉！”
对中书省下手之后，朱元璋随即展开了对五军都督府的插手和改制，五军都督府即中、左、右前、后五军都督府。其初，朱元璋下集庆，即置行枢密院，亲自掌管，又置诸翼统军元帅府。不久罢行枢密院，改置大都督府，以朱文正为大都督，节制中外诸军事，设司马、参军，经历、都事等官。
又增设左、右都督，同知，副使，佥事，照磨各一人，并设断事官。
定制：大都督从一品，左、右都督正二品，同知都督从二品，副都督正三品，佥都督从三品，经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。
又以属中书省的都镇抚司改隶大都督府，镇抚秩从四品。寻罢统军元帅府。吴元年更制官制：罢大都督不设，以左、右都督为长官，正一品，同知都督从一品，副都督正二品，佥都督从二品，其属，设参议、经历、断事官，都事，照磨。
洪武九年罢副都督，改参议为掌判官。洪武十二年升都督佥事正二品，掌判官正三品。而在改制了中书省之后，就分大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，每府设左、右都督，都督同知，都督佥事。
其属有经历司，经历、都事各一人。五军都督府掌军旅之事。分领在京各卫所及在外各都司、卫所，以达于兵部。
凡武职选授，移兵部请选；诰敕、俸粮、水陆步骑的cao练、军情声息、地图、军伍勾补、屯种等，并移所司综理；总兵、副总兵的充任，选公侯伯；遇有征讨，则挂将军印率兵出，战毕还印。
其后，朱元璋在奉天门选官，始定南北更调用人之法。