董仲舒的学生吕步舒当时也在场，他不知这是老师的作品，批评此书是大愚！。结果，董仲舒被判死罪。后来被汉武帝赦免。被废为中大夫。以后董仲舒再也不敢宣传阴阳灾异了，晚年居家以修学着书为事。
董仲舒其学以儒家宗法思想为中心，建议以弱枝或小末的方式严禁王侯大臣擅权，杂以阴阳五行说，把神权、君权、父权、夫权贯串在一起，形成帝制神学体系，流行於汉代的谶纬都是继承了董仲舒的感应、灾异之说。
董仲舒还把《公羊春秋》用於司法上，提出《公羊》治狱，即《公羊董仲舒治狱》，是汉代酷吏产生的基础。从而他提出了天人感应、三纲五常等重要儒家理论。
董仲舒有一百多篇文章、词赋传世，但是今日除了《天人三策》、《士不遇赋》之外大多散佚。
《隋书、经籍志》所着录《春秋繁露》据说是董仲舒作品，这个说法暂时为学界所接受；由於该书内容杂芜不纯，无法完全证实是董氏之主张。
皮锡瑞称：董子传《公羊》，《春秋繁露》所载，皆言经义，且皆与《公羊传》合。是董子之於经学，尤为专门名家。