只是让吴可和张亮基头疼不已的是，贵州苗民在黄飘大胜两广清军来犯人马，这对于云贵两省以及两广清军没多大妨碍，可是苗军的胜利却鼓舞了云南回民起义军的士气，就在贵州境内战火连天的当口云南也跟着大乱起来。
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云南地处西南边疆，境内多山，土地瘠薄，各族百姓在满清地方官吏、土司头人和地主豪强的重重剥削压迫下，生活异常困苦。
朝廷每年向云南征收赋税达白银四十万四千二百两以上，各级地方政府的费用和官吏的“养廉”以及巧立名目的苛捐杂税，随征科派。第一次鸦，片战争失败后的赔款，也分摊到云南各族百姓头上，使其负担越来越重。
朝廷为了弹压云南百姓的反抗，在云南驻有绿营兵近四万人，每年所需俸饷及军械弹药、恤赏等费甚巨，其中半数以上由地丁银中支取，余由江南各省的协饷银补给。
太平天国起义后，江南各省自顾不暇，断绝了协饷银的来源，于是云南地方当局进一步横征暴敛。“军费不足，则加赋税；赋税不足，则抽厘金；厘金不足，则逼捐输”。各地团练更是“任意科敛，弊窦丛生”。
由此，本就生活于水生火热中的云南各族百姓遭受残酷的压迫剥削，被迫起而反抗，以致“聚众抗粮”、“闭门拒赋”的现象时有发生。
为转移云南各族百姓的反抗斗争目标，当地官府以及地主豪强不断挑起辖内民族，矛盾和民族纠纷。
云南是多民族的省份之一，治内有汉、回、彝、白、哈尼、壮、傣、苗、景颇等几十个民族。除汉、回两族外，地方官府对其他民族统称之为“夷”，而回族人数约占全省人口的十分之一二。
由于地方官府以及地主豪强的挑拨离间，回族和汉族之间不断发生纠纷。早在嘉庆初年，就因回汉上层豪强争夺厂矿利益，开始发生仇杀。道光朝以后回汉之间的矛盾越来越大，械斗和仇杀的次数越来越多，并有愈演愈烈之势。
这种情况，使得云南的阶级矛盾和民族，矛盾错综复杂地交织在一起。
1855年（咸丰五年）冬，云南临安府（治今建水）的汉族地主恶霸和楚雄府（治今楚雄）回民为了争夺楚雄府南安州（治今楚雄南）石羊厂银矿，发生激烈纠纷。
楚雄府知府崔治中等地方官吏乘机施展“暗中挑拨，意在两伤，借邀功利”的伎俩，“见临人（按：即临安府汉人）势强，则召临人杀回人；见回人势强，又使回人以杀临人”，导致事态扩大矛盾激化，从争吵发展到回汉械斗。
在当地官府的‘不懈’努力下，事态最终失控，由械斗引发成当地回汉两族百姓的大乱斗，之后事情越演越烈等到官府察觉部不对，心生害怕想要控制事态继续发酵之时已经晚了，当地灰百姓积累的怨气由械斗龈爆，然后变成了波及范围甚广的大骚乱……