双方连日交战清军伤亡惨重，褚克昌得力将领张福保、杨有才、陈开榜、王有才等被打死。褚克昌慌忙从镇南回到云南县大营指挥作战，仍无法挽回败局。最后清军因粮尽兵溃，游击张玉柱、守备孙占魁率部投降大理政权，红岩、弥渡先后失守再次落入回民武装手中。
大理杜文秀部回民武装随即进攻云南县清军大营，并分兵一路由虎应龙、保文明、桂春亮率领北攻宾川。这时马如龙率领的滇东、滇南回民武装也先后攻占了南安州、镇南州和定远今牟定）县城，控制了楚雄府全部州县。
清军署理提督褚克昌见处在各路回民武装东西夹击之下的云南县清军大营危在旦夕，便以往援宾川为借口率部撤离，仅留守备周士杰等防守。大理蔡法春见此便集中兵力猛攻云南县清军大营，经十几天激战全歼守敌，接着又转攻宾川。
此时褚克昌扎营于宾川县城以北的太和村，蔡法春率大理回民武装赶到后，首先占据宾川北山切断清军粮路，然后实施包围。8月18日大理回民武装发起进攻，9月9日攻破宾川清军大营全歼守敌，并杀死云南署理提督褚克昌。
褚克昌部全军覆灭，云南清军闻风丧胆，“自此愈不敢言西上矣”。
这时的云南形势对各路回民武装力量非常有利，如果杜文秀和马如龙加强团结，把滇西和滇东、滇南回民武装统一起来，或者继续维持一定形式的联合，乘胜出击扩大战果，则很有可能置实力弱小的云南清军于死地。
可惜的是，各路回民武装中没有一个洪大天王似的人物，各部首领虽然都是回民却谁都不服谁。马如龙自谓有功不愿居杜文秀之下，竟率滇东、滇南回民武装返回澂江。不久马如龙等第二次围攻昆明，围城仅十日即被迫撤围。
而在杜文秀的指挥下，滇西回民武装攻势如潮，迅速扫清了大姚、姚州等地的残余清军，各将领乘胜向滇西各地清军发起进攻。蔡德春到楚雄与已参加了滇西回民武装的李芳园会合后，于11月率军攻占了禄丰县和安宁州城。
与此同时，陈义、杨德明、马金保、张遇泰等率部攻占了鹤庆、剑川和丽江城；虎应龙、桂春亮率部进攻永北厅治今永胜）；蔡法春则率部返回云州、顺宁，转攻永昌府治今保山）。
1861年3月，大理回民武装蔡法春、陈义率部围了永昌府城，经数月围攻于7月底攻克。8月杨荣、张遇泰克云龙州城今云龙），姚得胜、保文明、虎应龙克永北厅城，9月马成克龙陵厅城，10月蔡法春、马国玺克腾越厅城今腾冲）。
在此期间，滇西回民武装还击退了署云南提督申有谋进攻大理的攻击，夺回了被清军一度占领的广通、禄丰等城，申有谋狼狈不堪率残兵不足千人逃回省城。
至此，西达龙陵、腾越、云龙、永昌，东至楚雄、广通、元谋、禄丰，南至缅宁、顺宁、云州，北抵剑川、鹤庆、丽江、永北，滇西二十余厅州县都在大理政权的控制之下。
而就在这时，吴可的老丈人张亮基调任云贵总督，所面临的形势不容乐观……