肃王的疏稿起了扭转会议方向的大作用。众人纷纷表态赞同肃王的提法。倭仁鉴于形势，也不便固执己见，不得不修改自己的疏稿，共改了四次，形成了一个奏折：
臣等伏思黜陟为朝廷大权，恭亲王当皇上即位之初，维持大局，懋著勤劳，叠奉恩纶，酬庸锡爵。今因不自检束，革去一切差使。恭亲王从此儆惧，深自敛抑，未必不复蒙恩眷。以后如何施恩之处，圣心自有权衡，臣等不敢置议。
这样大学士倭仁和肃亲王的奏折取得了一致意见，都主张两宫太后对恭亲王施恩，重新录用。军机大臣们列名于倭仁奏折。在肃亲王奏折上署名的有礼亲王世铎及王公、宗室、大臣等七十余人。
此外，都察院、宗人府也上了奏折。内阁学士殷兆镛、潘祖荫等也单衔上疏。
给事中谭锺麟、广成等上折奏道：“海内多事之秋，全赖一德一心，共资康济，而于懿亲为尤甚。若庙廊之上先启猜嫌，根本之间未能和协，骇中外之观听，增宵旰之忧劳，于大局实有关系。”指出国家核心领导的团结与稳定，是关系到全局的大问题不可小看。
另有御史洗斌、学士王维珍也上疏言道：“现在各省军务尚未尽平，如军机处、总理各国事务衙门，事繁任巨，该王素为中外所仰重，又为夷人所信服。万一夷人以此为请，从之则长其骄肆之心，不从或别启猜疑之渐，此虽系意料必无之事，总无不在圣明洞鉴之中。”这是说，罢斥奕，恐怕洋人不一定同意，请慈禧三思。
这就是说，除倭仁折和肃王折之外，又有一批人也上了奏折。这就形成了吁请重新任用恭亲王奕的强大的舆论力量，而且情之切切，言之凿凿。
事情到了这个地步，应该有所转圜了。慈禧摆出了虚心纳谏的姿态，于三月十六日以同治帝名义明发上谕：
日前将恭亲王过失，严旨宣示，原冀其经此次惩儆之后，自必痛自敛抑，不至再蹈愆尤。此正小惩大诫、曲为保全之意。如果稍有猜嫌，则惇亲王等折均可留中，又何必交廷臣会议。兹览王公、大学士等所奏，佥以恭亲王咎虽自取，尚可录用。与朝廷之意正相吻合。见既明白宣示，恭亲王著加恩仍在内廷行走，并仍管总理各国事务衙门事务。此后惟当益矢慎勤，力图报称，用副训诲成全至意。
慈禧听取了王大臣的部分意见，重新任命奕在内廷行走，并管理总理各国事务衙门，但议政王和首席军机大臣的要职被剥夺了。这就是说，奕被排除在最高领导层之外，不得与闻枢密，慈禧太后进一步地收紧最高的皇权。
事情发生得太过突然也太过迅速，短短不到一月时间便已尘埃落定，虽然此事波及朝堂各大派系几乎所有重辰，可是根本就没给外臣反应过来的机会，等到各省封疆得到确切消息，做出反应的时候已经为时过晚，朝堂上的争斗已经早有定论。
这一次，不仅恭亲王被狠敲了一记闷棍，洋务派也跟着遭受不小打击……