顾千里的新报在捅了一下湘军这个马蜂窝后，很快又接连刊发了一系列文章报道僧格林沁之死、捻军作乱豫皖苏鲁等地、当前国内形势等重磅文章，在上海及周边江浙一带影响日广。报纸发行量急剧上升，茶馆酒楼读报渐成风尚，不仅大批士绅争相订阅，就连贩夫走卒也往往津津乐道。因为顾千里亲自执笔的文章言词犀利，有条有理，观点鲜明，风格激昂，往往引发民间共鸣而声誉日隆。其他一些报纸也开始引用新报的文章，特别是一些洋人的外文报纸直接全文翻译，使新报也开始在上海租界的洋人当中拥有了相当的读者群体。
十二月初，旭报发表了西北局势的报道，很快新报也跟进全文转发并加了编者按。顾千里在时事评论专栏指出西北土地辽阔乃祖宗遗留，岂容外夷入侵！陕甘回乱数年未平，试问朝廷良策何在！回汉百万生灵涂炭，流离失所，民不聊生，试问苍天情何以堪！旭报、新报两大报纸共同发文，顿时民间沸腾，江南各地议论纷纷，清议直达京师。
紫禁城里寿康宫内的暖阁中，慈禧正在看着内务府刚送到的新报。报纸上的文章令她看的触目惊心。同治三年，新疆民乱，库车、和阗、喀什、吐鲁番等地先后变乱与清兵互相攻伐，局势混乱。
占据喀什旧城的柯尔克孜伯克司迪尔自立为“帕夏”，为了树立威信，决定派手下金相印去浩罕城迎回大和卓曾孙、号称“圣裔”的布素鲁克，立为大汗。同治四年春，浩罕国阿力木库尔汗派阿古柏率领数十名骑兵护送布素鲁克去喀什。甫到喀什，布素鲁克和阿古柏便组织兵变，将司迪尔逐出喀什。三月，司迪尔率七千余柯尔克孜兵回袭喀什。阿古柏此时显露出了超群的军事指挥能力，仅率百余名骑兵夜袭敌军，击溃了司迪尔。接收了司迪尔势力的阿古柏迅速组建了数千名士兵的军队，于四月中旬攻克了英吉沙，并将司迪尔残部彻底逐出新疆。
在阿古柏扶持下，布素鲁克于该年四月建立了“哲德沙尔汗国”，意即“七城汗国”，表明一统回部七大城（一般认为是喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什）的野心。
四月下旬，阿古柏约叶尔羌阿奇木伯克尼亚孜为内应，偷袭叶尔羌，在巷战中失利。回军途中，又遭遇库车和卓热西丁的军队，在罕南力克战役中复大败，逃回喀什。阿古柏于是调整战略重点，转而攻击仍在清军守备下的喀什汉城。同治四年九月初，清军守备何步云投降献城，清喀什噶尔办事大臣奎英举家自杀，残部被迫皈依回教。
慈禧看到这里，叹了口气，接着往下看关于陕甘回乱的报道。咸丰末年，为了对付长毛粤匪，河南巡抚严树森曾招募了六百名陕西回勇往开封协防，事毕后回陕遣散，为陕西团练大臣张芾所留用。适逢太平天国扶王陈得才勾结捻党，在同治元年春从河南经由武关入陕西，关中各地回民纷起响应。其主要匪首是赫明堂、任武，短时间内形成了十八大营，有于彦禄等十八元帅。叛军曾包围西安长达一年多，还曾包围了潼关，一度威胁着陕晋豫的咽喉要地和山西滨河一带的地区。赫明堂与甘肃河州回民取得联络，于同年秋占据泰州秦安。翌年，平凉、固原、西宁、狄道、河州、宁夏，先后为叛匪所占据。
陕西大乱，前述被征的回勇乘乱散走。一批原籍同州、散伙归家的回勇走到华州圣山小张村，有个回勇看上了村边的竹子，与姓王的园主商定，每斤铜钱二十枚枚购买。正在砍竹子时，主人的父亲来了。老头得知卖竹子的情况后，觉得价钱低了，想反悔。但是，老头不是责怪自己的儿子不会做买卖，而是诬陷砍竹子的回勇是偷竹子，双方发生了冲突。恐怕谁也没想到，这一冲突，竟然导致了一场惊天动地的大乱。
朝廷先是委派胜保为钦差大臣剿灭陕西回乱，岂料胜保成事不足败事有余，屡战屡败。非但不能剿灭叛匪反倒令匪乱愈演愈烈！钦差大臣多隆阿到任以后，官军才开始转败为胜。
悍将多隆阿原来是一名八旗军官，因湖北巡抚胡林翼的提拔而升任湘军将领。咸丰十一年，多隆阿帮助曾国荃从长毛手中收复了安庆，他自己在同治元年攻克了庐州。他的勇营被证明在对付回民时同样有效。同治二年三月，多隆阿的勇营攻占了陕西东部作为叛匪主要基地的两个市镇。并在八月间打破了对西安的封锁，把回民赶到了陕西西部。同治三年三月他死于进攻侵犯陕西的四川乱匪的战役中，这时他已基本扑灭了陕西省的回民叛乱。可是大批陕西回民却逃入甘肃，参加了在那里早已起义的人数众多的回民部队。多隆阿死后，叛匪重新杀回陕西，致使陕省局势复乱。
甘肃的叛乱似乎是回民首先发难的，匪首马化龙则在其中起了很大的作用。早在同治元年十月，某些回民领袖就谣传，说朝廷即将大肆屠杀回民，所以他们组织起来包围了灵州这个位于马化龙老巢金积堡以北数十里的城市。与此同时，回民在甘肃东南部攻打了固原，这是横跨一条交通要道的战略冲要城市。驻兰州的代理陕甘总督恩麟发现只有和为上，别无他法。在他的建议下，同治二年初朝廷为甘肃下了一道特旨，重申对回民的不歧视原则。但是甘肃与陕西一样，回汉双方地方武装都日益增加，冲突与日俱增，四年之内除省城和其他少数几个城市外