朱由检对《天工开物》手稿大加赞赏，当即吩咐徐光启：由工部出资，将此书已完成部分立刻付印，先印上一万本再说。:3.出书以后，工部自己留五千册，分发给相关各制造局、工厂和作坊，其余面向社会售卖。每本书按照一两银子的版税付给宋应星，以后每次重印，版税银只能增加，不能降低。
将《天工开物》印刷成书，也是宋应星长久以来最大的梦想，但他根本也没想到还能通过这本书挣钱。现在不但朱由检帮他解决了出书问题，还给他这么高的版税，可以说宋应星是陡然而富！
这接踵而来的幸福，简直让宋应星有点承受不起了，他赶紧眼含热泪请求道：“陛下助微臣将此书付印，微臣已经感激不尽，何敢赚取朝廷的银两？微臣任县学教谕，月俸已足可养家…”
朱由检立即笑着打断他道：“先生甘受清贫令人钦敬，但朕若还让先生继续清贫下去，那就是朕的不是了。完全没必要惶恐，这些都是先生应得的。朕不但要先生做个富翁，再不用为柴米油盐这种琐事牵扯精力；还要天下人都知道，与务农经商相比，知识才是最大的财富！”
宋应星还要逊谢，朱由检却接着说道：“而且以先生之大才，之前只做个未入流的县学教谕，实在是太屈才了。先生暂且委屈几天，待通州难民安置步入正轨，朕返京之后，还要对朝廷机构做一番调整，裁撤一些多余的衙门，新增科学院，级别与五寺相同。朕欲请先生出任首任科学院院长，官品嘛，还要与阁臣商议，但应该不低于正三品，与大理寺卿等品级相同。先生意下如何？”
“陛下，这…这如何使得？”宋应星听罢惊得连连摆手道，“臣乃微末吏员，何敢一步登天，忝居朝廷大员之列？况且臣虽不知陛下所言‘科学院’有何职责，但其主官必得统揽全局之才方可胜任。要臣做些具体研究尚可，如此重任实不堪当！”
徐光启也笑着劝解道：“陛下爱才心切，臣岂不知？但宋应星毕竟现在只是未入流的小官，若骤然提拔至高位，难免会惹来‘幸进’之物议，引发廷臣争论。更恐有小人嫉妒而造谣中伤，反而对他不利。以臣之愚见，不妨先设立科学院，选派德高望重者出任主官，以宋应星辅之。待科学院步入正轨之后，再行扶正，那时阻力就小了。”
朱由检听罢沉吟片刻苦笑道：“还是徐尚书考虑周到。既如此，那就只好再多委屈先生一段时间了。不过先生放心，科学院迟早还是要由你来掌舵的，你不但要把《天工开物》中所载机械、技术在全国发扬光大，还要帮朕发现和培养更多的人才。一个宋应星实在太少了，若我大明能有三五十个、甚至上百个宋应星，何患外侮不灭、国家不兴！”
当天晚上，朱由检没有回行辕，而是留在宋应星的活动板房里，与徐光启、顾炎武、宋应星三人一起饮酒畅谈到深夜。本来他登基之后几乎从未喝过酒，但今天为着怕三人、尤其是宋应星拘束，还是频频举杯劝酒。
这三人也都是豁达磊落之士，没那么多心思，皇帝敬酒岂能不饮，因此几人很快就酒至半酣，席间的气氛也热烈起来。
朱由检又命人送上一碟花生米，笑着说道：“你们大概还没见过这东西吧。此物名为花生，原产于新大陆，朕在陕西藩邸种过一些。炒熟了蘸醋吃，这叫老醋花生，最能下酒。”
这几人还真没见过花生，即使是与外国人接触较多、对新大陆略有了解的徐光启，也没见过花生实物，此时纷纷好奇地学着朱由检的模样，用筷子夹起一粒花生米细细咀嚼，不禁同时称赞道：“果是好物！”
“花生可不光是能下酒。”朱由检与三人碰杯，仰脖一饮而尽之后咂着嘴道，“它可以榨油，出油量比油菜籽大得多，是一种重要的经济作物。如能尽快到全国，找出适宜耕种的地区，就可以大量出产，降低油价，寻常百姓家就都能吃得起油了。”
接着他又如数家珍地向三人介绍红薯、土豆、玉米等新大陆作物，听得三人心驰神往。尤其是徐光启，更是赞不绝口道：“没想到陛下对农政如此精通！臣之弟子陈子龙熟知全国各地气候及地力，若他在此，也许能向陛下推荐最适宜耕种之地。”
朱由检听了大喜道：“对了，陈子龙现在是不是还在松江府？今春恩科，他为何没来京师参考？像这样的人才，也应该进科学院啊！”
徐光启却摇头苦笑道：“这个陈子龙哪里都好，只是有些儿女情长。他与‘秦淮八艳’之一的柳如是两情相悦，但柳如是赎身银高达数十万两，他一个穷举子哪能出得起？去年他已不再去寻柳如是，但为此大病一场，直到夏天才痊愈，因此未能赶上恩科。”
朱由检听罢哈哈大笑道：“这就叫英雄难过美人关！这样吧，徐尚书赶紧修书一封，让陈子龙先来京师，朕有重要差使交给他做。柳如是今夏独占花魁，但她若是跟了周道登或是钱谦益这样的年龄既大、人品又差的无耻之徒，恐怕也未必会如意。朕的圆妃与柳如是有旧，董小宛也在京师逗留，可以让她们邀请柳如是来京，到时候朕给陈子龙制造个机会，看看他们二人能否再续前缘。”
三人听罢哈哈大笑，推杯换盏，又在席间热烈探讨了铁路的可行性和经济性。到最后全都喝得酩酊大醉，直到日上三竿才起床。
宋应星刚刚睁开惺忪的