皇帝时隔将近一月之后第一次上朝，大臣们自是来得极多，几乎将乾清宫外的广场挤满了。而且相当多的人都面色不善，一看就是憋着极大的怨气。
果然，朱由检升座之后，吏部左侍郎成基命率先发难。此人是天气年间的首辅、东林党魁首叶向高的得意弟子，叶向高被迫辞官后已经身染重病无法复出，因此成基命就成为了东林党新一代领袖人物之一。朱由检铲除阉党后，当年被魏忠贤排挤的东林党人纷纷复职，成基命做为吏部的实权人物，起到了很大的作用。
“陛下将近一月不上朝，臣等初时还以为龙体偶有微恙。”成基命面色凝重地道，“后来建虏大举入寇，在群臣一再追问下，宫中才据实以告，说陛下自率三千轻骑去辽东了，还有吏部尚书孙承宗相陪。陛下，还有孙大人，能否向臣等解释一下，御驾亲征如此大事，为什么要瞒着群臣，为什么？！”
见自己的下属向自己猛烈开火，孙承宗是满脸尴尬，有苦难言。其实他本来是去阻止朱由检的，没想到皇帝居然把他“劫持”了。欲要说出实情，又觉得更损皇帝尊严，只得垂头丧气地不发一语。
朱由检倒没让孙承宗背黑锅，微微一笑道：“各位不要责怪尚书大人，他原不知情。朕本来也没想御驾亲征，原蓟辽总督阎鸣泰讨要粮饷，朕想给他来个突然袭击，亲自检查军中吃空饷的情况。只是后来阴差阳错，又不得不去了皮岛和大凌河。现在朕已经平安回来了，各位也就不必责备尚书大人了吧。”
“陛下此言，臣实难苟同！”礼部右侍郎李标立即抗声奏道，“陛下贵为天子，九五之尊，身系社稷安危，只宜居中调度全国，诸事皆交臣等督办。臣等若督办不力，陛下罪之则可，岂能擅离京师，尤其还是以身犯险，竟至被建虏包围？若非祖宗庇佑，又一个土木堡之变已经酿成！孙承宗身在帝侧而不能止，罪莫大焉！臣请陛下降旨，罢去孙承宗官职，交刑部议罪！”
这位李标也是东林党人，性情耿直，向来敢于直言进谏，在朝中颇有名望。此时拿皇帝与被俘的明英宗相比，实在是很不恭敬。
朱由检了解李标的为人，倒没因此而生气。但他怎么也没想到，李标居然要以此事来罢孙承宗的官，实在有些小题大做，便微笑着摇头道：“李大人似乎言重了。朕至大凌河是去解边军之围的，虽然过程惊险了些，也折损了不少人马，毕竟把边军的主力救出来了。而且从头至尾，都是朕独断而行，不干尚书大人的事，罢官之议不允。”
话音刚落，刚刚升任为詹事府少詹事的黄道周出班厉声奏道：“陛下难道还以为这是小事么？辽东一役丧师辱国，弃地千里，诚我朝前所未有之大败！朝廷在辽东经营数年，耗费粮饷无算，好不容易才构筑成关宁锦防线，如今一旦弃之，岂不令天下震动？不惟孙承宗有罪，陛下亦难辞其咎！臣万死，恭请陛下降诏罪己，并将孙承宗罢职，袁崇焕、祖大寿等边将更应明正典刑，以谢天下！”
黄道周此言一出，满朝立刻大哗。袁可立是黄道周的座师，虽然对朱由检擅自出京也很不满，可他也不知道黄道周居然敢请皇帝下罪己诏，气得立时大声指责自己这位性格火爆的学生。
黄道周却是寸步不让，连老师的面子也不给，师徒二人就在朝堂之上唇枪舌剑起来。而除了施凤来等几位阁臣乐得看热闹以外，其余大多数官员竟是站在黄道周一边。
朱由检倏然警觉，心想无论是成基命、李标还是黄道周，可都是东林党人。这些大臣群情激奋，一方面确实是因为丢了锦州、宁远，感到无法接受；而另一方面，也未必没有借此事与皇帝争权，排斥异己，造成东林党一党独大的意味在里面。
而朱由检也有难言的苦衷，因为宁远和锦州他是本来就要放弃的，但他知道以这些大臣的死脑筋，是绝对不会同意的，所以他才有偷偷离京之举。既然他不能说破这一层，那么辽东之役就无论如何是个大败，群臣要追究责任，似乎也不为过。
但要朱由检下诏罪己，还要治孙承宗等人的罪，这可是朱由检绝对不能答应的。如果这次低头让步，那以后再想出京，就会遭到更大的阻力，皇帝的权威也会受到空前挑战。
因此朱由检只得耐着性子向群臣解释：此次辽东之役，并非将士不用命，亦非指挥有误，实是后金军力过于强大所致。如今边军已经退守山海关，可说是退无可退，只应激励士气。与其追究责任，倒不如知耻而后勇，把山海关守好。
见皇帝不欲治任何人的罪，显然不愿意承认失败，一部分大臣知趣地闭住了嘴巴。但以黄道周为首的数十名官员，大多数是言官，仍然不肯罢休，一定要朱由检下诏罪己。
尤其是黄道周，更是脸红脖子粗地道：“不惟辽东失利，陛下自登基以来，施政多有乖谬之处，于祖制大有更张。像废除内监、改立七处、任用女官、飞鸽传信等等，无不离经叛道，实非社稷之幸。如今既有辽东之败，又有各地灾报频传，难道不是天象示警，要陛下检讨自己的过失么？”
朱由检见和这些人怎么说也说不通，不由得勃然大怒。他冷冷地盯着黄道周一眼道：“照你这么说，各地发生的灾难，也全都是因为朕而造成的？”
“正是！”黄道周毫不畏惧地道，“皇帝为天子，受命于天而治九州