扩建京师，是明朝开国以来罕有的大工程，其工程量恐怕也仅有太祖朱元璋筑金陵、成祖朱棣建京师，以及历代修葺长城能与之比肩。如此浩大的工程，即使朱由检不惜内帑，仍然会遇到各种各样的困难。
首先就是工人。筑城既是技术活又是力气活，除了有专业的匠户对质量把关以外，还需要大量的民伕。民伕自然是从徭役中来，但京师百姓虽多，却已经承担了各种各样的徭役，根本挤不出多少人手来筑城。
第二则是土方与城砖。新规划的外城周长百里，墙高三丈，内层为版筑夯土墙，外层包覆城砖。所谓版筑，即是以木板为模，内填粘土灰石，每个夯层厚一尺，层层用土夯实。底端墙基最宽处达七丈二尺，顶端也有三四丈宽，其土方量可想而知。
而夯土层外包覆的城砖就更难了。以往不论是筑长城还是筑京师外城，所用城砖都是从全国各地的官窑发来。城砖有严格的规制，生产缓慢，成品率极低，一块砖从开始和泥到最终垒到城墙上，往往需要半年甚至更长的时间。此次扩建京师，至少也需要数百万块城砖，这简直就是个天文数字。
第三是后勤服务。若想尽快竣工，就得发动至少数万民伕同时筑城。先不说这些民伕从哪来，即使真凑够了这么多人，民伕又不是机器人，总要吃喝拉撒睡，这么多人的基本需求如何解决？土方和城砖又如何运输？按照工部官员的估算，平均每一名筑城的民伕，需要有二到三人为他提供服务，这些服务人员又从哪来？对此工部既一筹莫展，又有些幸灾乐祸，心想可不是我们不干活，而是这活根本没法干，你皇帝有本事自己筑城去。
但是朱由检既然决定扩建京师，就早已经想好了这些问题的应对之策。对于负责技术的匠户，本身京师就是匠户云集之地，戚美凤从西安赴京之时，也把大多数工匠一起带来了，技术力量是不成问题的。
而筑城需要的大量民伕，朱由检决定不另开徭役征人，而是采用募工的方法。他并没有像泾阳县那样直接废除徭役，因为这个题目可太大了，可谓牵一发而动全身，现在的局势还不允许做这样剧烈的改革。
那么，在大多数老百姓都有徭役在身的情况下，如果再开徭役，一则也征不上来多少人，二则凡是服徭役的，都是出工不出力，能偷懒就偷懒，肯定会延误工期。
而募工虽然要额外支付工钱，但工人是卖力气挣钱养家，积极性自然会高很多。朱由检算了一笔帐：假如有五万募工同时劳作，即使按照当时在秦王庄实行的较高标准，一个工人月新也就是三五两银子，五万人就是十几万两。朱由检希望工程能在冬季上冻之前结束，那么仅需八个月，最多二百万两银子就足够了。更何况他会实行计件工资、多劳多得，实际支出的银子也未必有这么多。
除去募工之外，朱由检还有两大免费的劳动力来源，那就是流民和被俘的蒙古人。
京师向来是流民汇聚之地，当年还是宁王的朱由检正是因为救助无法入城的流民，才逐渐走上了对抗魏忠贤的道路。如今各地连年大灾，民不聊生，京师附近的流民至少也就几万。只要能把这些流民组织起来，给他们提供最基本的饮食和住处，实行“以工代赈”，既可以得到至少上万免费劳动力，又消除了不稳定因素，可谓一举两得。
至于在包克图一役中擒获的蒙古鄂尔多斯部数万俘虏，朱由检就没打算对他们客气了。他们是标准的战俘，按理说应该全部杀掉，朱由检没杀他们，而只是让他们做苦工赎罪，已经是格外优待了。
之前这些蒙古人分散在鄜州、固原、庆阳、陇州等地，在秦兵的严密监管下屯田。现在屯田初具规模，已经不需要这么多人卖苦力了，而朱由检是绝对不会让他们闲下来白吃白喝的。
他立即向陕西巡抚孙传庭和延绥巡抚周延儒飞鸽传书，要他们选派军士，将那些身强力壮的蒙古人押解到京师来。至于老弱妇孺，则仍留在原地屯田，对来京师的蒙古人也能起到一个牵制的作用。
土方和城砖的问题也不难解决。从一开始，朱由检就没打算从全国各地砖窑往京师送城砖，那也太麻烦了。砖也是土烧的，完全可以就地取材嘛！
朱由检的方案堪称野心勃勃，那便是沿着规划的京师外城墙，在外面挖一道宽约数十丈的超大护城河，挖出来的土正好用于筑城。
对于城砖，正所谓工欲善其事，必先利其器，朱由检的做法不是运输城砖，而是把全国各地的匠户集中到京师来，在这里建造几十座砖窑，昼夜烧制城砖。虽然匠户来京和建造砖窑需要一段时间，但无论如何也比傻乎乎地运输城砖省事多了。
惟一比较棘手的就是后勤问题，再说简单点就是粮食问题。不管是匠户、募工还是流民、蒙古人，饿着肚子干活肯定是不成的。但是京师粮食本来就紧张，如今要一下子提供十余万人的粮食，这也完全超出了户部的能力。
而且南粮北上，主要经过京杭大运河。可京杭大运河到通州就终止了，从通州到京师的运河通惠河因为年久失修，已经渐渐淤塞，运粮的大船无法通航，只能走陆路从通州运至京师。就算朱由检肯花内帑银大量购粮，这粮食能不能及时运到，也是一个很大的问题。
但是开弓没有回头箭，工程既然已经开始，就是再大的困难也