但天启年间，黄河决堤，水深一丈三，徐州城完全被淹，于是迁至城南二十里铺重建，这是徐州第二次迁城。
崇祯元年黄河洪水退却以后，城内淤积泥沙厚达一至五米，城市文物悉埋于积沙之中。时兵备道唐焕于原址重建，是谓崇祯城，城规模及形制与地下洪武城雷同且相重合。城东门、北门沿袭旧称，西门易名为武安门，南门改称奎光门。
现在大顺军就是在崇祯元年徐州城的基础上，于各城门加筑垒塞、营盘和炮台。谷可成经过留城大营的一战以后，对于棱堡、星堡式防御的设计，更有心得和经验。
他看到许都主导增筑的众多炮台及营盘，设计分布相当合理，对于徐州防御作战的前景，便更具信心了。
“老城的周围还要另外增添土垣，现在工程已经大部分竣工。”许都介绍道，“北关新筑土城一座，西关、西南和南关土城都是去年就已经开始修筑的。”
徐州外围的新筑土城都设六门，炮台十数座，形成掎角之势。徐州城内道路也已经经过了修整，城内道路整齐，府道衙门、都司、察院等宫廨林立，官署、学府、祠堂、会馆等雕梁画栋也多被改造了军事所需的垒塞。