朝鲜义军、僧兵蠢蠢欲动，日军方面当然也不是在闲着睡大觉。此时在清州城内的日军守将为蜂须贺家政，其所部正镇守于清州至忠州之间的大小城镇，兵力可谓相当分散，其在清州城内居然仅有三百余人。
危险吗？看起来很危险，不过这其实也要看大局，毕竟日军自登陆以来，朝鲜军往往一触即溃，日军根本未遇敌手。正是在这样的大局之下，蜂须贺家政由此对朝鲜战力不屑一顾，虽然身边仅留数百士兵，他也认为足以压制清州，并威慑周边。
这月初一，赵宪所部一千一百人，灵圭僧兵七百人，官军五百，合计两千三百余人进抵清州。由于此前赵宪已经定下计谋，因此便先令本部出五百人诱敌出城，剩余六百义军与七百僧兵于两侧埋伏等待号令，官军负责追击败军。应该说，这是一个极其常见的诱敌围歼计。
蜂须贺家政见清州城外的挑衅者全是寻常百姓，一个个身无片甲，手持粗制刀枪，甚至许多人不过是拿着锄头、草叉、柴斧等农具，同时他们还队列散乱，只知道在火绳枪射程之外叫骂。
蜂须贺家政冷笑连连，对手下人道：“区区数百贱民，手持农具，连足轻也称不上，哪来的胆量敢在城外叫骂，必须全部碎尸万段，以儆效尤！”他不是说说而已，立刻下令以一百兵卒追杀此股义军。
义军见一百余名日军攻来，便与之厮杀。显然，义军虽有五百之众，但衣甲兵械毕竟不如日军精良，加上又是无阵型乱斗，激战不过一刻便有近三百名义军伤亡，战局可谓一边倒。
赵宪见状忙发信号，前部后退引日军追击，随后两侧伏兵突起，瞬间便将日军合围。这一下兵力优势太大，日军无法突围，全部被义军及僧兵斩杀。不过义军缴获火绳枪却不会使用，只得先当做冷兵器随身携带。
蜂须贺家政于城楼望见敌有伏兵，不禁吃惊，细数下来惊觉敌军竟有数千之众，由于此刻城内守兵仅剩两百，蜂须贺家政心中无底，难免有所慌乱。
赵宪及灵圭趁势号令僧兵、义军全力攻城，义军士气高涨，呼喊响彻清州，于城下与日军鏖战。此刻忽然乌云密布，天降倾盆大雨，日军火绳枪虽然制作精度不错，但技术水平却不算高，可比不得明军前些年换装的万历二式那样拥有一定防雨水能力，因此陡然之间全部失效。不过祸兮福所倚，朝鲜方面也因大雨浇灌而无力攻城，赵宪无奈之下也只能下令撤围。
蜂须贺家政见天降大雨，急忙跪地感谢神明护佑，但同时心知，次日一旦天晴，义军必再攻城，到时恐怕清州不保。蜂须贺家政当机立断，率领剩余部卒连夜撤离清州。
到了次日清晨，义军果然再围清州，却见清州早已城门大开，清州百姓四处活动。赵宪及灵圭疑惑不解，找来一名妇女询问，方知日军昨夜便已离去。赵宪心疑，不知是否是计，因此也不敢轻举妄动，但官军闻听这一大捷，却一马当先直入清州，宣布清州光复。
清州光复后，赵宪向官军讨要表功奏疏查看，谁料官军不给。赵宪率众强夺而看，果然奏疏中将光复清州之首功归于官军，并称颂僧兵协助，却惟独对义兵却只字不提。赵宪勃然大怒，义军因此和官军接连爆发冲突。
灵圭只好充当和事老劝慰双方，赵宪忿忿不平得回答道：“数千义民不惧生死与敌寇拼杀，他们只字不提，官军寸功未立不过先入空城，他们却敢上报首功！
他们这样做，分明是对不准官军参与战斗的挟私报复，此等无耻行径绝不能坐视不理。灵圭大师，你既是无欲无求之人，便请勿要多言，刀剑无眼，再上前来必遭无妄之灾！”
话说到这个地步，灵圭也只能徒呼奈何。从此起，公州义军、僧兵、官军之盟实质上已经瓦解。
到了本月中旬，赵宪接到命令，朝廷要求义军、僧兵、官军合力南下收复锦山。赵宪坚决反对同官军合力，决意自领义军收复锦山。
灵圭得知，连忙劝道：“公切不可意气用事，贫僧想清州一战之后，义军仅剩七百，锦山倭将为小早川隆景，听闻乃倭国名将，极具谋略。此人部下兵多将勇，实力强大，且如今正占据险要，单凭公目前兵不满千，必是有去无回。还是遵从朝廷之令，三部合力，从长计议为好。”
然而赵宪对官军之厌恶已到极点，自然不依，执意单独行动，他傲然道：“君辱臣死，既接到军令，我当立刻奔赴锦山再作计较，即便飞蛾扑火也定收复锦山。但请恕在下绝不与宵小之徒共事。大师若也依然愿意杀敌报国，便请与我同去。”
赵宪说罢，便正式与灵圭告别而去，潇洒而决然。
另一边，小早川隆景听说公州赵宪领义军数百来攻锦山，如今正夜宿城外，便对立花宗茂说道：“朝鲜义军虽勇，但相比我军仍就是相差悬殊，断不敢以此等军力于城外驻扎，我本料其或是一部疑兵。不过，这领兵者若果真是赵宪，那却应另当别论。
我曾听闻，赵宪为朝鲜名儒，但生性孤僻，固执偏激，任何人都难与之长期共事，如此推断，则此军应是孤军。
况且，赵宪虽深通儒学，但对军略却不得要领，不算难缠之敌。宗茂，你让高桥统增领一千五百人趁夜秘密出城，绕到赵部背后，一是探查周边有无伏兵，若确为孤军便伏于敌后，待明日你我亲领武士出阵，前后相击，讨取敌将首级