“当日月明尊的权力越来越大时，刘福通才意识到小明王想利用日月明尊来限制自己，甚至是铲除自己。
于是，他将小明王的另一个‘义父’，也就是杜遵道，给杀死了。
他这么做就是想告诉小明王，没有人能敢挑战他的地位。
如果小明王还想限制他的权力，他接下来就会对付日月明尊，甚至是废掉小明王。
日月明尊原本想杀了刘福通，但刘福通的武功实在太高了，他们担心联手也打不过刘福通，所以就一直不敢动手。
直到那一年，刘福通的本部大军被元军打败，损失惨重，不得不退守孤城。
此时，朱元璋已成气候，手底下兵多将广，刘福通就想跟朱元璋借兵。
虽说朱元璋名义上是小明王的部下，但朱元璋已相当于诸侯，要是借兵给刘福通，不就是自取灭亡吗？
朱元璋犹豫再三，尚未作出决断，自立为王的张士诚突然派兵攻打小明王和刘福通，朱元璋担心张士诚会利用小明王对付自己，决定出兵去救小明王和刘福通。
结果几场大战之后，张士诚的军队被打败，小明王和刘福通脱险，被朱元璋安置在滁州，因为朱元璋以前也是明教中人，我明教的许多教众，都想推举他为教主。
不过朱元璋这个人很狡猾，并没有答应，小明王见他没有夺取自己的教主之位，便封他为吴王，与自己平起平坐。
刘福通自认武功高强，并没有把朱元璋放在眼里，他三番五次要朱元璋交出一半军权给他，朱元璋当然不会答应。
刘福通一怒之下，便打算杀了朱元璋，结果在一次宴会上，他正要动手时，却被一个人给吓住了。
原来那人就是绝世奇人刘伯温。
这刘伯温武功之高，近乎于地仙，刘福通自忖不是他的对手，就打消了杀死朱元璋的念头。
此后几年，不光是我明教弟子，就连白莲教和弥勒教的弟子，绝大多数都投靠了朱元璋，愿意听他号令，还想让他做第二个‘三教大总管’。
这时候的刘福通，差不多成了孤家寡人，不过他并没有就此放弃再度成为红巾军领袖。
有一天，他得知朱元璋派了一个大将要把自己和小明王接去应天，他知道朱元璋想要除掉自己，于是他将计就计，答应去应天见朱元璋。
当大船行至一个名叫瓜州的地方时，朱元璋派去的大将果然动手了，不过刘福通早有准备，一出手就杀伤了数十个高手。
但他千算万算都没有算到小明王对他早已恨之入骨，已经和朱元璋暗中联络，没等他大发神威，就被日月明尊和三个不知名的绝顶高手围攻，惨死于瓜州。
小明王见刘福通终于死了，长舒一口气。
可是就在这时，一支不知从哪里飞来的羽箭，射中小明王身体，贯穿全身，竟是将小明王给杀了。
日月明尊没想到有人的箭法会这么高超，等他们追出去时，凶手早已逃之夭夭。
日月明尊怀疑射杀小明王的凶手是朱元璋派来的刺客，但他们没有证据，只好忍辱负重，率领部分明教弟子去应天见朱元璋。
依朱元璋的意思，是想让日月明尊听他号令，等到时机成熟，就取缔明教，然而日月明尊早已看穿朱元璋的诡计，他们两人假意效忠于朱元璋，暗中培植明教力量。
大明朝立国后，朱元璋采取各种手段，想要让明教、白莲教和弥勒教消亡，可是三教弟子深知唇亡齿寒的道理，一起与朱元璋斗。
当然，以三教的力量，不可能与朱元璋硬来，而朱元璋，鉴于天下尚未平定，也并没有与三教大动干戈。
十几年后，朱元璋终于对三教进行大清洗，还颁布了律法，取缔三教。三教因此损失惨重。
我明教为了保存实力，不得不退出中原，远避塞外。
但朱元璋并未因此放过我明教，想利用我明教内乱一举灭掉我明教，所幸我明教当时出现了一位新教主，名叫司空明，与明月明尊联手，把叛乱给平定了。
此后，朱元璋屡次派人攻击我明教，不过我明教不是等闲势力，只要不和朝廷大军决一死战，即便有所损伤，也不至于消亡。
有一年，皇太子朱标巡抚陕西，司空教主得知这个消息以后，立即请日尊前去陕西拜访朱标，希望能借朱标之口劝说朱元璋不要再为难我明教。
日尊刚要见到朱标时，便有刺客袭击朱标大营，危急关头，日尊拼尽全力，与刺客之首斗得两败俱伤，救了朱标一命。
谁曾想，朱标返回京城途中，又受到大批刺客偷袭，被一个高手打伤，回京不到半年，便病死了。
好在朱标临死之前，曾对朱元璋言明我明教只想安居于塞外，并没有要和朝廷为敌的意思，朱元璋这才缓和了与我明教的敌对关系。
就在朱元璋驾崩的同年，日尊也去世了，不过日尊有一衣钵传人，继承了日尊的地位，一当就是五十年。
而月尊呢，三十年前因为身体原因，将月尊身份让给弟子，隐居于别处，至今也不知是否还在人间。
新月尊年纪并不算太大，而今还不到七十，但他的武功，却可以说是深不可测。
教主刚接掌本教之时，日月明尊都有点瞧不起教主，尤其是日尊，因为教主的出现，使得他再也没办法问鼎教主之位。
教主不想破坏团结，每年都会派人去看望日月明尊，月尊还好，每次都会回礼，但日尊这十八年来