在查格雷斯河口的圣洛伦索，他们与西班牙人发生第一次激战，因为拥有绝对优势的兵力，摩根轻松地占领了这座有200人守卫的西班牙要塞。他留下一部分部队把守在这里，以防自己的后路被切断，然后沿查格雷斯河向上游挺进。在船只不能通行的河段，他们弃船上岸，穿越热带丛林经过三天的艰苦异常的行军，摩根他们终于来到了巴拿马城下。摩根命令队伍停下来，他仔细地观察自身所处的地势。看到英国海大军压境，愚蠢的西班牙守城者竟然使出了极不高明的办法:他们将几百头野兽向海盗队伍的方向驱赶，想以此吓退敌人。可是当枪炮声响起，野兽都被惊吓得四散奔逃，其中的一些甚至转回身向西班牙士兵的阵营冲过去，结果西班牙人自己的阵脚倒先乱了起来。经过一场激烈的混战，西班牙人落荒而逃，把城市丢给了摩根一伙，甚至连存放在教堂里的金银宝石都没来得及运走。
胜利后的海盗照例要痛饮一番，而老谋深算的摩根却保持着清醒的头脑，他担心万一西班牙人杀个回马枪，醉醺醺的海盗是根本无法抵挡的。于是他散布了一条谣言，说西班牙人在酒里放了毒，这一招果然奏效，海盗们只好望酒兴叹。
他们在城里洗劫了20天，逐家逐户地搜索战利品，最后顺手把城市夷为废墟取得胜利的海雷斯河口。按照海盗中流行的规则，在把战利品搬上船之前，应该按照惯例进行分配。可是贪得无厌的摩根却没有遵循传统，他一个人就占据了大部分财宝，而那些普通的海盗则一无所获。分赃不匀引起海盗们的内讧，许多海盗拔刀威胁要杀死摩根。此时摩根则带着亲信溜之大吉，抛弃了1000多名海盗。而且摩根在溜走时没有留下任何给养、船只或者武器给海
们，他想让他们都饿死在荒野里。
已经同英国人签署了和平协议的西班牙人，对于摩根的海盗活动感到十分愤怒。同时英国海盗的劫掠活动也危及到了其他欧洲列强的殖民利益。于是西班牙和其他些国家向英国政府纵容海盗的行为提出了强烈的抗议，并要求英国政府交出摩根。由于当时西班牙的海军仍然具有强大的实力，所以英国人也只好暂时退让，表示要严厉地惩罚摩根和他的部下。英国政府下令把托马斯莫迪福特和亨利摩根逮捕押往伦敦受审事实上摩根对巴拿马城的袭击，是受到了当时牙买加总督莫迪福特的默许的，他作为海盗的幕后支持者，纵容和支持海盗劫掠西班牙殖民地并且同他们共同分享战利品，所以在追究责任时必定会牵扯到他。不过摩根自己却表示无所畏惧，愿意回国接受任何惩罚。他坐着自己的船，一路养尊处优，舒舒服服地回到了英国。而且让西班牙人想不到的是，回到国内的摩根完全是自由的。这个抢掠了无数财宝、在巴拿马杀人放火、无恶不作的摩根，不但可以随意处置自己的财产，进行销售变卖，他和总督莫迪福特还被当做胜利者在英国各地受到欢迎。英国法庭对他们也是睁一只眼闭一只眼，态度十分友好，而社会舆论更是倾向于把摩根当做民族英雄看待，英国政府则一再援引德雷克、霍金斯和雷利的先例为他们开脱罪责。更让人目瞪口呆的是，就连英国国王都表示很欣赏这位江洋大盗，为此摩根甚至向国王建议，让他本人担当牙买加总督的职位，由他来负责同海盗进行斗争，并且保证不会再去袭击西班牙人。
在伦敦过了几年养尊处优的生活后，摩根被皇室封为男爵。再后来，这位杀人越货的海上魔王竟摇身一变成了英国政府在加勒比海地区的代表。1674年，摩根终于如愿以偿，
得到了朝思暮想的官位，受英王查理二世委派，他当上了牙买加的副总督。作为政府代表的他也自然要履行自己许下的诺言—镇压海盗活动。起初他对海盗们进行劝说，希望他们放弃这种杀人越货、没有前途的职业，要听从政府的指挥。
可是当这些温和的劝告没有作用时，他便开始了武装征讨。穿上了英**服的摩根，仍然是那么冷酷无情。海盗出身的摩根，当然对海盗的习性了如指掌，他围剿、镇压起海盗来是得心应手的，每一步都逼得海盗们走投无路。面对摩根的镇压，越来越多的海盗要么葬身大海，要么改邪归正。为了活命，许多海盗成了名副其实的船员，从事正经的、和平的航运业务。此后