清军于城南进兵，施放弓箭，在城北使用红衣大炮集中火力发炮，两翼则以神威将军炮夹攻，炮火持续到“次日日落”，可是依然没能攻下雅克萨，一直到清军用火攻的方式准备焚城，才逼迫俄军出城投降。
在俄军投降之后，一共有四十名哥萨克士兵留下投效清廷，被康熙归于上三旗，而俄军守将托尔布津则带着其他人撤离，到此阶段雅克萨被清军收复。
按道理来说，当这仗打到了这个份上的时候，基本上已经宣告了胜利，可问题是清军打下雅克萨后，并没有选择驻守，而是将城内的房屋与军事要塞全部烧毁，随后就回了瑷珲，而其他的兵力则是都回到了北京，从雅克萨到瑷珲一带又恢复到了战前的无主状态。
而俄军守将托尔布津在撤回尼布楚的路上，碰上俄陆军大佐伯伊顿率领的哥萨克大军，在知道雅克萨彻底失陷后，只得一同返回了尼布楚。而后尼布楚督军弗拉索夫派人前往雅克萨侦探，得到情报说清军在焚烧雅克萨之后，沿黑龙江河匆匆而下，十分高兴，于是又重新派了托尔布津占领了雅克萨。
也就是说到了目前为止，清军前番的努力全部白费，也是导致雅克萨之战持续了整整三年的重要原因。
等到清廷得知消息后，第二次率军围攻雅克萨的时候，雅克萨已经被俄军重新加固了，拥有近七百人的兵力，五尊铜炮、三尊铁炮以及九百五十支火枪，而且城墙还得到加高增厚，四面修筑了突出的堡垒，墙外掘出壕沟，还修筑了粮仓、火药库、军需库和近十所居民房。
因此在经历重新加固后的雅克萨，清军再想攻克就没那么容易了。清军将领萨布素率领所部两千余人，加上建义侯林兴珠率领的四百福建藤牌兵，再加上郎坦、班达尔善、马喇等将领辅佐，开始第二次围攻雅克萨。
当清军将雅克萨包围起来后，萨布素便开始率领军队攻城，然而这一次遭受了城内炮火的猛烈还击，清军死伤惨重，无力继续攻城，而俄军亦不能更进一步，双方相抗，你进我退，战争呈拉锯胶着状态。
在清军攻城期间，俄军伤亡也十分惨重，守将托尔布津在塔楼视察时，一发炮弹击中腿部，因此右腿被直接打断，并且伤口也被感染，四天后死去，而后俄军归俄陆军大佐伯伊顿指挥。
这一仗从七月一直打到了十月，萨布素开始采取长期围困的策略，而城内的俄军由于穴居在冰雪之中，饱患湿气之苦，因战死、饿死和坏血病死者多达数百人，以致于真正还有战斗力的士兵只有六十余人。
尽管雅克萨城内的俄军只有六十多人，可是清军依然选择了围困，而此时的俄国为了解雅克萨之围，便派了御前大臣戈洛文、伊拉托木斯克总督符拉索夫前来谈判，而清军也就随之选择了后撤三俄里，解除了围城，后续通过谈判也就签订了《尼布楚条约》。
雍正正是因为了解这些，所以才不会小觑俄军的战斗力，倘若后面的俄军依然是这种状态，以目前的清军，不可能继续在冰天雪地里围攻一年甚至是两年，无论是兵力还是财力都无法支撑。
“罗刹国窥伺我朝疆土由来已久，其狼子野心令人悚然，若是非要付诸于武力以解决争端之际，我大清是否能够抵御其罗刹军民之侵袭？”
说到了这个问题上，众人脸色有些惴惴，唯独兵部尚书托赖站了出来，“启禀皇上，雅克萨之战虽然已过三十余年，可是大清如今军力之强盛，却比当年犹有过之.......”
众人哑然，真要是这么强盛，怎么南方的半壁江山都给丢了呢？
托赖脸色微微一红，低声道：“楚逆之强，远甚俄人，我大清虽不能敌楚逆，可是却强于昔日许多，即便再来上一场雅克萨之战，也是能赢的。”
“可即便是赢，以大清目前的钱粮，根本无力维持，以奴才之见，好歹也要见一见这些罗刹国使臣，要打要和，到时候皇上再另做打算也可。”
张廷玉身为户部尚书，他始终都反对在这件事上过于强硬，毕竟眼下的大清，已经不再是那个强盛的大清，虽然军队纵比似乎强了些，可是制成打仗的钱粮基础，却不止弱了一筹。
雍正细细思考了一番，终究叹口气道：“塞尔图，传旨下去，让罗刹使臣前来京师来谈判，朕多多少少也得听听他们的想法。”随后又低声道：“若是彼国有不合理只要求，朕无论如何也不会答应。”
塞尔图只得低声称是，可是心里却有些担忧，罗刹国并不是一个好应付的敌人，只怕这一次怕是要大大出血了。