左懋第心情压抑，笔端如重千钧，在禀报入京数天未获一名侍郎以上官员接见，和谈希望定八成要落空时，提出“勿以北行为和议必成，勿以和成为足恃”。警醒朝廷不要期望和议一定成功，即使签约成功也不一定能信赖，主张做好武力备战工作。说“夫能渡河而战，始能扼河而守，必能扼河而守，始能划江而安。”劝慰弘光帝以先帝之仇、北都之耻为念，以沦陷之民为忧。他写道“懋第此行，是懋第死日也。”他已经估计到了被羁留的可能，表示要“效宋之文天祥，留正气于千古。”
事实比左懋第估计的还要严峻。在陈洪范这个后来被称为“活秦桧”的内奸和盘托出南明朝廷所有情况下，多尔衮原来对南明七十万大军的担忧顿时化为乌有，对南明总兵以上的将领都有了大体了解，对各地驻军防守情形做到了心中有数。除了对史可法这位原南明兵部尚书尚有三分忌惮之外，感到夺取江南已经如同探囊取物。
事实上，后来有些事情也印证了多尔衮的猜测。譬如，半年后左梦庚率领五十万大军向只有一万多人的多铎投降，多铎惊讶得不敢相信，以至于向多尔衮奏报称滑天下之大稽时，多尔衮说：本该如此。
但是，这个谈判正使左懋第“威武不能屈，富贵不能淫”的倔强程度，还是大大超出多尔衮的意料之外。本来，多尔衮心中已经不把南明作为一个对手，连搭理他们的兴趣都没有，指示下面人员：看在他们带来那么多东西的份上，晾他们一阵，让之滚蛋。
可是，做贼心虚的陈洪范在南归途中的一封信，使得多尔衮改变了决定。陈洪范因为经常单独出去活动，有时还喝得面红耳赤地回驻地。他怕回去之后朝廷追查出使失败原因，让众人互相证明没有单独活动，没有泄密机会。如果那样，很可能露馅。于是，他在夜间给清廷写了一封信，偷偷塞给了清廷派遣的监督南明使团南返人员。
陈洪范的信函摆上多尔衮案头的时候，南明使团已经离京两百余里。多尔衮急忙派遣骑兵追赶，“除陈洪范外，勿使走漏一人。”
于是，除陈洪范之外，使团近百人全部被押回北京关押。
左懋第知道事态严重，不断对大家进行气节教育，并写了一副对联贴在驻地大门上：“生为大明忠臣，死为大明忠鬼。”他将苏武牧羊图挂在自己住室里，以苏武出使匈奴十九年不改其节自警。
随员艾大选受清廷拉拢，易服剃发，被左懋第下令亂棍打死。清朝派员质问，左懋第对曰：我行我法杀我人，与汝何干？
多尔衮先后多次派与其相识的明朝降清高官劝降，均被其斥退。
洪承畴最先赶来，才要现身说法，刚开口就被左懋第打断，左懋第问：“汝是何人？”对曰：“在下洪承畴啊。”左懋第摇头：“不对，我闻听蓟辽总督洪承畴被俘之后绝食而死。我朝先帝崇祯除赏赐给洪家大量财物之外，还为之写了悼词，称之为‘死事重于泰山，意气化为长虹’。想那洪承畴绝对应该是大明忠臣。又闻其事母至孝，其母以其降清为耻，郁闷而终。在我心中，其应该是忠孝双全之人。汝今天冒充洪承畴，忠孝何在？”
洪承畴羞愧无地，面红耳赤离去。
不久，原明朝大学士李建泰赶来，才要攀交情，即被左懋第伸出三根手指头所阻，不解地问：“仲及伸三根手指何意？”
左懋第轻蔑地说：“我最讨厌的是三国时的三姓家奴吕布，有奶便是爹。如今，汝比混蛋儿郎吕布年龄长，职位高，见识广。先皇帝崇祯擢升汝为大学士，汝请兵拒贼，竟然降贼。现在，又恬不知耻降于满清。还有脸与人说时务，认同乡。先生数学好，请你算一算，你应该算是三姓家奴呢仰或是四姓家奴？对，你和逆贼都姓李，姑且还算你是三姓家奴吧。”
李建泰哪里还有脸呆下去，抱头鼠窜而去。
多尔衮无奈，只得让左懋泰出面劝降。
甲申之变前，左懋第到南方出差之前，曾托堂兄左懋泰照顾母亲。不料，母亲一病不起终致丧生，是左懋泰代替堂弟左懋第扶灵柩回乡安葬。此次会面，是母亲丧事之后堂兄弟初次见面。左懋泰简要向堂弟讲述了丧葬经过，说一次丧葬，看透了世间生死，三寸气在千般用，一旦无常万事休。兄弟，咱们家可不能再出事了。
左懋泰止住了兄长，说：“谢谢！您替我尽孝扶灵回乡葬母，作为族弟，万分感谢，无以为报。但是，自古忠孝难以两全。我出差在外，未能尽孝。但是，我是奉君之命为国尽忠。尽孝是私，尽忠是公。您由明降贼，由贼降清，使得左家祖上蒙羞。请免开尊口，让我为左家留一丝清白，免得左氏弟子均无面目立于天地间。”
一席话，公私分明，义正词严，左懋泰尴尬无语，狼狈退出。
多尔衮黔驴技穷，便亲自出面宴请左懋泰。左懋泰不为所动。
多尔衮说：“今日无他，只要先生答应剃发，一切好说。”
“人之发肤，受之父母，不敢损毁，孝之始也。”
“留发不留头，留头不留发！”
“先贤说‘人生自古谁无死，留取丹心照汗青。’”
多尔衮见软的不行，便命令将之下入水牢，百般折磨。
弘光元年（清世宗二年，大顺永昌二年，大顺二年）闰六月十九日，左懋第等被绑缚北京宣武门外菜市口刑场。多尔衮让先