驻扎在城内的一万清军也被大火卷去了两千多，这些都是吴三桂和洪承畴的精兵；城南的三万西营尽数逃走了，吴三桂的心都要碎了；而城北的五万兵马在混战中损失了上千，随后在败退中又被西营追杀了好几千。本来城内外接近十万的大军，现在只有原来的一半。
数日前昆明的清军还趾高气扬，赵良栋也雄心勃勃，打算穷追李定国，哪怕深入缅甸也在所不辞。而现在五万清军士气低迷，军营里看不见任何笑容，听不到任何欢声，赵良栋也不用出征了，现在昆明的唯一工作就是设法征粮，大火把昆明储备的粮草烧了个一干二净，放在营外的军粮只够大军数日所需。
虽然从城南各营翻出了一些西贼没来得带走的粮食，但这对吴三桂来说仍然是杯水车薪，而且他知道征粮工作肯定不会顺利，之前吴三桂已经仔细征收过了——他怕民间有粮食会帮助散步在云南各地的残余明军；而且昆明的大火震动方圆百里，附近的百姓见又发生大战，都尽可能地远远逃离了昆明。还有那些逃走的西贼，他们洗劫了沿途的清军驿站和小仓库，吴三桂因为缺乏军粮还无法派兵去追击他们。
在把清军将领召回来后，所有的人都说他们根本没有接到洪经略的命令，而是有一队吴三桂的亲卫持着他的令箭来传达的命令。这些将领一对口供，发现他们接到的命令都一样，全是“便宜行事”。
一开始吴三桂还不信，甚至一通大发雷霆，但人人都这么说，由不得他不信。
第二天下午和晚上，吴三桂忙着整顿部队，同时继续寻找有关那个神秘的亲兵的线索——他和赵良栋彻底醒酒了，重新开始怀疑那个保宁千总，带“李名”来的那个亲卫报告那队人加上保宁千总本人一共有十八个，而城北众将看到的也都是十几个骑兵，戴剑雄的一个部下更出来作证，他当时也数了一下人数，确实是十八个没错。
不过吴三桂还是很难相信这么大乱子全是那个家伙搞出来的。这时他们两个最想见到的就是洪承畴，以便问问他都了解到什么情况。但这老头子就像是人间蒸发了，始终不见踪影，好不容易找到了几个曾跟着洪承畴去救火的亲卫，他们说最后见到老头子的地方是粮库。这几个亲卫不是自己逃走的，就是奉命去寻找部队但根本没回去的，而跟在老头子身边的那几个同样没有音讯。
听完他们的描述后，吴三桂和赵良栋都起了不祥的预感，等下雨后大火熄灭，吴三桂就派了一队士兵，押着那几个临阵脱逃的洪承畴亲卫去粮库找人，不过一直找到第三天天亮也还没有找到洪承畴。
第三天早上，吴三桂又接到一份报告，他的亲卫从原来的西城楼守卫那里问明，在大爆炸发生前，有一队武装到牙齿的骑兵出城去了，拿着吴三桂的亲卫腰牌以及他的令箭。吴三桂和赵良栋一起上场，仔细盘问完这守城官后，二人都确认领头的那家伙十有八九就是保宁千总李名，装束和城北的众将描述相当吻合。
“这厮！”搞清楚一切后，吴三桂气得七窍生烟，大骂道：“多半东川也是他烧的吧？然后烧到云南境内，凑巧有个笨蛋去找他，他想想闲来无事，就顺便昆明侦查下地形吧；然后他一看能混进武库，就顺手又点了把火；杀了我的人抢了令箭混出城，出城后意犹未尽，顺便又假传了一通命令！这贼，休要落到我的手里！”
“恐怕，大帅去建昌的人也是他伏击的。”等吴三桂骂完，赵良栋低声说道，现在回想起来，那保宁千总对建昌一战的叙述怎么看都太完美了，但如果是他就是袭击者，那一切就解释的得通了。
“狗贼！”吴三桂拍案大怒，到现在洪承畴还没有找到，看来也是凶多吉少了。
“大帅，”这时一个亲卫进来，手里还拿着封信：“急报，说是您的一个亲卫让送来昆明的。”