此时舰队阵型已经开始混乱，继四川号后。定海号和宁海号也连续吃到了炸弹和鱼雷。幸好两艘战列舰大改中重点加强了水平装甲和水下防护能力，加上日机炸弹威力不足，才没更大损伤。但两舰的损失也很大，尤其是定海号。因为挂着旗舰旗帜，所以成为日本轰炸机的第三目标，连续被两枚鱼雷命中后速度猛降不说，甲板也倾斜了五度。
“能不能维持住？”但最危险的还是四川号和黑龙江号。罗勇不放心舰艉伤害。亲自跑去查看情况，巨大的缺口和伤害让他心疼得要死。刚要去下层看看，损管队队长却陡然暴喝一声，猛地将他扑倒在地：“舰长，小心！”一架突入的零战对舰艉实施了扫射，子弹当场打死几名水兵。借这个机会，两架突击的九七舰攻也从七百米外发射了鱼雷。轰轰......连续两次爆炸，将七千多吨的舰体震得猛颤，刚爬来的罗勇和水兵又纷纷摔倒。三枚鱼雷，就算是重巡都扛不住，所以黑龙江号很快就出现大倾斜，二十分钟后就沉没在世界最深的菲律宾海，六百三十二名官兵中有两百零七人战死。
惨烈的战斗并没随着罗勇下令弃舰结束，连一直被幸运女神眷顾的贵州号航母也冒起黑烟，连吃两枚炸弹，一半的甲板都开始起火。
下午两点整，雷少保和刘宇率领的攻击机群终于出现在视野中，但他们看到的，却是一副可怕的场面。离开前还完好无损的舰队已经混乱不堪，几乎每艘战舰都在起火冒烟！天空中到处都是绞杀的战机，海面上一道道鱼雷航迹触目心惊，爆炸和浓烟几乎让他们辨不出战舰舷号。更糟糕的是，两艘航母的甲板都已经起火，完全无法看清是否还能使用。“他娘的！有油的，跟我上！”由于大部分战机的油都快用完，即使有心也不敢做格斗等耗油动作，所以雷少保和刘宇一边带着还有油料的飞机加入战圈，一边让油料不足的飞机去水上飞机附近迫降。
虽然俯冲轰炸机和鱼雷机不能和战斗机格斗，但对付同级别的飞机完全可以。而且数十架飞机的加入也让摸不清底细的岩本澈三不敢恋战，立即招呼大家撤退。就在这时，最让人心痛的一幕出现了！一架九九舰爆利用驱逐舰爆炸产生的浓烟作掩护，突然从一千米高空向珠江号轻巡俯冲下来。由于珠江号的防空火力之前就已经被炸弹破坏，所以没等挡住这架九九舰爆。
轻巡洋舰的防护本来就差，炸弹脱离挂架后又从一号炮塔和二号炮塔的结合部穿透水平装甲，并击穿了炮塔地井。爆炸引燃了卷扬机上的发射药，最终扩散诱爆了整个弹药库！轰隆隆的爆炸中，标准排水量10350吨的珠江号前甲板四散爆裂，舰体从这里被折断，扬起数百米高的爆炸尘埃！最终军舰仅在水面上维持了五分钟，就带着七百九十名官兵沉入大海。
所有飞行员都发疯了，珠江号的大爆炸让他们忘记了油量和弹药，人人都开足马力向日机冲去！这时，从澎湖和基隆赶来的三十多架闪电和四十多架厉风也加入战圈，面对数量越来越多的中国飞机，岩本澈三带着剩余的零战，掩护轰炸机边打边退。
由于很多战机已经严重缺油，所以杨国昌下令停止追击。到下午三点二十分，最后一架救援飞行员的日军九七大艇被击落后，宣布琉球海战结束。
在这场人类史上第一次真正地航母大战中，双方都付出了惨重的代价。六个小时的斗智斗勇中，日本海军松岛和严岛两艘战列舰沉没，凤翔和瑞凤号航母沉没、还有两艘轻巡和六艘驱逐舰被击沉，总计有一百五十三架战机被击落。民国海军23舰队也因为被“作战半径”禁锢思维，导致在大胜到手后被山本五十六的主力偷袭，四川号航母严重损伤，在拖回基隆港途中翻覆，不得不被自己的鱼雷击沉，贵州号航母也在船坞里整整待了半年。定海号和宁海号两艘战列舰中度损伤，各自进入船台维修四到六个月，还有两艘轻巡、五艘驱逐舰被击沉，其余战舰也都浑身带伤。由于航母甲板被破坏，导致飞行员不得不迫降或跳伞，最后统计有三十九架战机被击落，还有九十六架迫降时损毁。幸运的是，由于杨国昌的提前安排，所以只有二十二名飞行员战死或失踪，其余全部获救。还有两千余名海军官兵战死，四川号航母的少将舰长也成为开战以来民国战死级别最高的军官。而海军海航第五大队队长章鹏以一战击落六架零战，总击落十六架日机的成绩，一下子成为全国瞩目的零战克星，云向南、雷少保和刘宇等人也被授予王牌称号。
如果说首轮突袭是有心算无心，只是岸基航空兵的精彩表演的话，那么琉球海战就是海军的独舞，真正戳破了日本海军的不败神话。战后两国同时宣布胜利，民国宣布击沉包括战列舰和航母在内的四十艘战舰，摧毁八百架飞机，而日本更宣称击沉四艘中国战列舰和四艘航母，摧毁了南洋舰队主力。在当天的战斗中，湛江、香港和广州也遭到菲律宾日机的轰炸，因雷达和防空准备充分是，所以大部分日本轰炸机都被拦截，只有少量完成投弹，并没太造成太大损失。
得到杨国昌的战报后，杨秋却在沙发上发呆了整整一小时。他倒不是因为损失，而是失去两艘航母后，导致海军仅剩三艘舰队航母可以使用（护航航母因为速度和防护，使用时缺陷很大）。而山本五十六回来