联军快速从多个方向杀入京都的大街小巷里，而三好义贤只得退守仙洞御所、京都御所附近那些有墙垣和防御公式的地方固守。不过，联军的攻击并没有立刻到来，因为他们各部之间忙着争吵谁才是第一个冲入京都，这可是事关荣誉的大事。
然而，他们的北侧却突然想起了战鼓的声音！
众人纷纷惊诧地向着北边望去，只见千余打着三好长逸旗号的伏兵，从京都北边的相国寺里杀出，朝着联军的侧翼席卷而来。而联军最北边的池田恒兴所部，则首当其冲。
“麻烦了，恒兴他又忘了侦查！”更在池田恒兴侧后的丹羽长秀发现了三好长逸的部队后，立刻率军前去支援。因为池田恒兴所部不是渡河的第一批部队，在大家向着京都冲锋时还落在后面。为了赶上前面的人，他几乎放弃了指挥和阵型，强行向着京都冲去。现在，他的部队稀稀拉拉地拖成一长条，如果被三好长逸侧击的话，就将直接崩溃。
然而，丹羽长秀的增援部队却在鸭川附近被混乱的联军给挡住了，折腾了好半天才勉强赶到京都东边的梨木神社和庐山寺。而此时，池田恒兴混乱的部队已经被三好长逸击溃，池田恒兴自己则带着手头还能收拢的部队，朝着南边的泷川一益所部靠拢。
“娘的，真是乐极生悲！我刚还觉得我是第一个冲进来的呢！这三好长逸，当真不是个东西啊！”池田恒兴原本的400战兵，现在身边只剩下100来人，其他的都被三好长逸给冲散了。京都里面寺庙林立，屋敷纵横，街道杂乱无章，实在是太混乱，以至于不熟悉地形的他根本无法收拢部队。而三好长逸却在京都驻守过很长一段时间，对各种小路大路都掌握地得心应手，快速地追击着池田恒兴，把他追得收不住脚。
“叫池田恒兴快点把他的部队停下！”此刻，位于他南边的泷川一益也是急得如热锅上的蚂蚁。他的部队虽然是第一批渡河的，但为了抢功，阵型比池田恒兴好不到哪里去。再加上他要更靠近京都中心，所处的街道更加杂乱复杂，部队散落在其中，根本指挥不过来。就在他好不容易恢复了一半部下的指挥后，池田恒兴的败兵就从一条京都的大街上退了过来，把他的部队给冲乱了。三好长逸趁机掩杀，结果泷川一益也没能形成抵抗，就继续向南边败去。
而此时，仙洞御所和京都御所内的三好义贤所部也趁机展开反击，联军瞬间因为不熟悉京都大街小巷的复杂地形而陷入混乱，只得狼狈地向京都外围退去。京都作为一个往日里的繁华城市，居住着大量的居民，随着兵灾波及到了京都，那些没来及逃难的居民也纷纷四处逃窜，加剧了混乱。再加上此刻剧烈的西北风，位于下风口的联军更加雪上加霜。
“哪里有平地？哪里有空旷一点的地方？”此刻，浅井长政正率领着侍卫策马奔走在混乱的京都里，试图寻找一个开阔地。终于，他在仙洞御所东边的湖畔，找到了一个可以容纳近千人的空地。
“雄鹰备，立刻列阵！”浅井长政高呼了一声，旗手立刻开始熟练地摆动旗帜。在一片混乱中，联军大多数战兵都已经失去了建制和指挥，狼狈不堪地如无头苍蝇一样乱撞。但是，按照雨秋平的现代训练法一手练出的1000雄鹰备，却依旧维持着高昂的士气和纪律。他们在接到了浅井长政的命令后，立刻开始在平地里进行列阵。虽然由于时间有限，环境混乱，浅井长政只在仓促之间集结了500人，不过这已经足够了。他立刻下令这500雄鹰备沿着大街反击回去，把试图追击的三好义贤所部给干脆利落地打退，为联军的撤退赢得了时间。
而另外一个保持了建制和指挥的丹羽长秀所部，也从侧面对三好长逸进行反击，迫使三好长逸停止了行动，而不得不转向应付丹羽长秀。
由于三好军的数量实在有限，而联军的反击和撤退也很及时，并没有受到太大的伤亡。不过，由于建制混乱，对于京都的进攻不得不暂时停止。池田恒兴、泷川一益、森可成还有浅井家的大部分家臣，此刻都逗留在京都外围，在一片乱兵中重新集结自己的部队，把他们恢复建制。
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巳时四刻，得知北路军在京都受挫的织田信长暴跳如雷。其实北路军遇到的麻烦并不算大，他们面前的三好军依旧只有他们的一半左右。等到他们整顿好了部队，不再犯轻敌大意的错误，而是老老实实地进攻时，京都的压制只不过是时间问题。
然而，织田信长却依旧忍不下去了。在这样激动人心的旷世大战里，他整整一个上午都只能坐在音羽山上干看着，对于生性不羁，渴望战斗的他实在是太难熬了。而北路军和南路军却又连连犯错，进度一再拖慢，更是消磨光了他的耐心。
“这些猪头脑子，到底有什么用啊？”织田信长对着京都的方向破口大骂。随后，他随手从一旁的架子上扯下自己的黑色披风，往胸前一系，就大踏步地走出了清水寺。
“传令！”织田信长站在山腰上高呼道，“织田家直辖，柴田所部，佐久间所部，随我一同出兵！”
“向西北走！先打下六波罗蜜寺，然后渡过鸭川折而向北，全军夹击京都！”
“那主公，渡过鸭川后，西南那边的东寺还有西边的二条城不管了吗？”明智光秀更在织田信长身后，出于谨慎还是提醒道，“那里都可以因隐藏大量敌军。”