这里要特别说明一下，清末民初的高等教育不能等同于现在的高等教育。那时候教育水平相对低下，教育制度很大程度上是剿袭日本，所谓的“高等学堂”、“高等学校”只相当于现在的高中或中专。——当然，现在日本的高中还叫“高等学校”。——那时候真正意义上的大学仅有京师大学堂、北洋大学堂等寥寥几所而已。
即便教学内容仅仅相当于现在的高中水平，在此刻的四川也没有几所。
就孙元起所知，现在四川的最高学府是光绪二十八年（1902）由四川中西学堂、尊经院合并而成的四川省城高等学堂（现四川大学前身），其次是光绪三十一年（1905）创立的四川通省师范学堂。接下来是所谓的“五大专门学堂”，即四川法政学堂（1905）、四川通省农政学堂（1906，现四川农业大学前身）、四川藏文学堂（1906）、四川高等工业学堂（1908）、四川存古学堂（1910），此外还有四川高等巡警学堂（1909）、四川武备学堂（1902）等。这些学校一起构成了清末四川高等教育的主要阵容。虽然水平不高，但门类齐全。
对于如何整顿学校，孙元起在湖北时已经实战过一次，可谓行家里手。此次以总督之威驾轻车就熟路，更是得心应手。
首先，他对学校里面的老师进行裁汰，不合格的一律清退遣散，有空缺则由经世大学毕业生前来补齐；
其次对学生进行甄别，根据实际水平重新划定年级；
第三，根据各个学校的特色，重新设置专业、安排课时、选择教材，其中高等工业学堂更是调整的重中之重；
第四，把位于成都城内的通省师范学堂、法政学堂、高等工业学堂等学校全部迁到城外新划定的高教园区；
第五，把高等巡警学堂、武备学堂、陆军小学堂等军事性质的院校合并成四川陆军军官学校，孙元起自任校长，一方面招收中学生入学教育，一方面对军队中的各级军官展开培训；
……
经过整顿，整个四川的高等教育局面顿时焕然一新。如果不是手里资金有限，孙元起甚至准备对基础教育下手，在川、陕、甘普及推广五年义务教育。不过他已经预谋在三年以后，也就是一战爆发那一年，那时候自己也该赚得盘满钵满了，就把这个理想付诸实践。
忙忙碌碌中，时间进入了崭新的1912年。在所谓的民国元年开始，南北局势却因为大总统的职位之争而变得剑拔弩张。作为实力派和中间派，孙元起更是两方积极拉拢的对象。在新年的头十天里，他这个北方内阁的学务大臣、南方政府的教育总长，至少分别接到二十封电报催他赶快前来就职，仿佛都在用这种方法逼孙元起表态。
而孙元起在完成整顿学校之后，也已经把出川之行摆上了案头。。。)