《两情若是久长时》讲述了一个府吏之女和落魄书生的故事。
女主顾西辞，男主云浅，女配云霞公主。男主和女主是青梅竹马，私下里早已互定终身，就等女主父亲同意。
因女主父亲嫌弃男主家贫，给不了女主幸福，男主便进京赶考证明自己有让女主幸福的能力。临行前允诺女主，进京赶考回来就八抬大轿娶她进门，希望女主能等他好消息。
男主确实有真材实料，一举高中状元。就当男主想写信给女主，叫她在家里安心待嫁，他则准备迎娶事宜时，却遇到了意外。
他被邀请去了琼林宴，在琼林宴上不幸被当今圣上最宠爱的云霞公主看上。
云霞公主的名声在京城一向不太好，以喜好美色出名，男主被她看上，简直是人生一大悲事。
云霞公主看上男主后，便叫皇帝赐婚。但男主一心系于女主，干净利落的拒绝了皇帝的赐婚。皇帝被拂了面子，恼羞成怒，派人把男主关进牢房，听候发落。
本来风光无限的状元郎，直接变成了阶下囚，令无数人叹惋。
男主自觉命不久矣，给不了女主想要的幸福，也怕因此耽误了女主的一生，便托同乡带给女主一封他亲手写的一封信。
信上说他如愿高中了状元，皇帝赏识其才，还特地将公主许配给他。他拒绝不了，就答应了皇帝迎娶公主。希望女主感念昔日的旧情，不要纠缠于他，阻碍他的仕途。
女主收到这份信后，不敢会对她说这么绝情的话，想要找男主问个清楚。
女主她爹得知女主的想法后，把女主关了起来，不让她去京城找男主。女主不甘心，在随身丫鬟的帮助下，逃了出来。
一路风餐露宿，终于来到京城。女主四处打听男主在哪，却遍寻不着。男主昔日的同窗得知她的来意后，都不肯见她。
她百般央求，才从男主的一个同窗嘴里知道事情的真相。
原来男主信上说的都是假的，他并没有迎娶公主，反而直接在大殿上拒绝了皇帝的赐婚，惹来皇帝的不满，将他关押在大理寺。
女主知道男主在大理寺后，匆匆赶去寻他。但她却并没有见到男主，反而见到了云霞公主。
云霞公主被男主拒婚，还是不肯放弃，天天跑到大理寺去劝说男主改变心意，但男主志向不改，始终拒绝成为她的驸马。
云霞公主见男主软硬不吃，气势汹汹的冲了出来，在大理寺门口撞见了被狱卒拦着不让进的女主。得知女主是男主的心上人，男主就是因为女主才拒绝成为她的驸马后，心生怨恨，故意以女主冲撞她为由，叫人把女主绑起来，活生生的将女主打死在大理寺门口。
在她的强权下，愣是没有人敢为女主伸冤。
本来是伸张正义，惩奸除恶的大理寺，在云霞公主的威胁下，也成为包庇者。
云霞公主怕男主得知这个消息后更不愿意娶她，下令任何人胆敢告诉男主格杀勿论。
府吏见女主迟迟未归，就去了京城找女主，但始终没有找到。女主就跟消失了一样，京城没有找到她的一丝足迹。悲痛万分的府吏只好跑到衙门去寻求帮助。
县令为了明哲保身，偷偷把府吏给弄死了。
男主在狱中意外得知这两件事后，怒不可遏，想要为他们报仇。但他现在深陷监狱，对此根本无能为力。
为了报仇，在云霞公主又一次来找他，劝他同意之时，他假装同意，表示被云霞公主的深情所打动，愿意成为她的驸马。
云霞公主见他改口，欣喜若狂，立刻进宫求了皇帝，把男主从监狱里放出来。
男主成了驸马后，凭本事一路青云直上，渐渐成为皇帝的亲信。
虽然男主仕途一帆风顺，但这并不是他想要的。他心里始终都没有忘记被云霞公主打死的女主，一直想找机会为她报仇。
但这个朝堂上根本没有一个可以伸张正义的地方。这个他昔日希望可以在此大展身手的王朝，内外都**的厉害，官官相护，狼狈为奸。
男主只好自己出手，这一等，就是五年。
五年后，敌军入关。他主动去前线迎敌。皇帝这几年对他信任有加，加上云霞公主为他说尽了好话，皇帝很快就同意了他的请求，批准了他去前线。
男主却并没有努力作战，他本来的想法就是想毁了这个**的王朝，根本不想为这个王朝出生入死。于是他主动放敌军入关，配合敌军将龙椅上坐着的皇帝给杀了。
因为云霞公主是谋害女主的罪魁祸首，他亲自用匕首毁了云霞公主最引以为傲的脸，把她送去军营当了人人可欺的妓女。
然后他回到女主墓前，自缢而死。
但因为他主动放敌军入关，导致这个江山崩塌，百姓对他恨之入骨。
他的尸体被人挖了出来，扔进乱葬岗，无人肯为他收尸。
明明能成为国之栋梁的忠臣，为了报仇雪恨，硬是变成了千夫所指的卖国贼。
女主的心愿是保护男主。为此，她愿意以灵魂为代价，只求能让男主得到一个善终。
她不希望本来心怀家国的男主，为了她，落到上辈子这番局面。