日本统治的其他特点，也有助于产生日益高涨的要求统一的觉悟。军政监部的集中统一，对减少地方独立性是有效的。同时，日本人派来的大批官员中，很多人尽管经过担任行政官员的良好训练，但是他们并没有关于东印度群岛的经验和知识。其中许多人表现出来的无知、无能和腐败，使印度尼西亚人感到吃惊，因为他们原来指望日本人会比荷兰人高明些。
结果是，隶属于日本人的印度尼西亚人，由于具有对自己的国家、语言和人民方面的知识，实际上已能行使很大一部分实际权力。这就使他们有了自信心，也使他们受到一些训练，为今后完全掌握政权作了准备。日本反对荷兰人和其他西方人的宣传，在日本取得了战争胜利的业绩鼓舞之下，很快受到了欢迎；可是，日本人把自己的国家描绘为亚洲的保护者、亚洲的领导者和亚洲的曙光等等所作的努力，却因经常发生的日本警察、军人和官吏所表现的残暴、腐败和无能而大受损害。
日本人的统治，带来了惯常的财政和经济困难。日本人发行纸币，引起了通货膨胀。到日本投降时，这种纸币只值票面价值的四十分之一。日本人夺取了荷兰和其他盟国国民的财产，并且，除了由军政监部管理的或移交给日本公司经营的工厂、矿山和种植园外，大量的金钱、贵重物品和其他财产都被日本敌产管理局所没收，并被移交给日本人或他们的合作者了。与此同时，东印度群岛的对外贸易遭到破坏，引起了消费品的严重缺乏，尤其是在人口稠密的爪畦，食物供应严重不足。日本人没有能力满足这些需要，同时，由于他们的船舶损失增加，他们也不能运走东印度群岛的主要出口产品。所以，他们企图用种植粮食作物来代替种植园经济。由于海上运输有困难，即使日本人鼓励修造木船也很难改善这种局面，因此日本人的目的是要使每个岛屿的粮食生产做到真正的自给自足。但是，日本人在增加粮食作物产量方面所取得的一点成就，被他们自己的占领军和许多随军的非战斗人员的需要所抵销了。
到战争结束时，就连日本人自己也显得衣衫褴褛和营养不足。当然，一般老百姓遭受的苦难就更深了。这些情况，在印度尼西业和在其他日本占领地区一样，无法再引起人们对共荣圈理想的热情。日本人组织了“劳务队”，征募大批爪哇劳动者，同样不能引起人们的热情。根据日本人的统计，被送到海外的建筑工程去干活的爪哇人不少于二十七万，这些不幸的人中只有一小部分活着回家。
在日本入侵以前，大约二十年中，东印度群岛已经有了民族主义运动。这个运动谋求把当地信仰伊斯兰教、印度教和基督教的居民团结在摆脱荷兰统治、争取政治独立的共同纲领之下。1932年至1934年间，荷属东印度群岛政府进行报复，逮捕了主要领导人苏加诺、穆罕默德?哈达和苏丹?沙里尔，把他们流放到新几内亚。
1937年，在埃米尔?沙里富丁的领导下，民族主义运动再次兴起。埃米尔?沙里富丁建议，如果发生战争，愿同荷兰合作以反抗日本，但要求建立一支印度尼西亚军队并允许印度尼西亚独立，以此作为交换条件。但是荷兰人不答应。当时还有一个印度尼西亚共产主义运动，是由陈?马六甲和塞毛恩组织的。该党的一些领导人被放逐了，共产党也遭到取缔。
在日本人征服东印度群岛时，他们释放了被关押的民族主义运动领导人，并把他们送回爪哇。苏加诺和哈达属于愿意同日本人合作，或者至少在口头上拥护大东亚理想的那种人。但是，沙里尔和埃米尔?沙里富丁不愿意帮日本人的忙。他们和他们的追随者，不是积极地反抗日本人，至少也是避而远之。
1942年3月，在爪哇的日本军事当局扶植了一个名叫“普泰拉”的组织，这是一个同菲律宾的“卡利巴皮”差不多的印尼人的组织。这个组织专门致力于消除西方影响，促进同日本的合作，宣传大东亚理想，并促使共同协力为日本军政监部的经济目标而工作。
以苏加诺为领导的这个“普泰拉”组织，不接纳华人、欧亚混血种人和其他少数民族。值得注意的是，日本海军不允许任何类似的活动在它的统治地区出现。日本海军妒忌陆军已经控制了印尼的大部分石油产地。它似乎害怕鼓励（印尼）独立运动的结果可能会把自己从现已控制的地区赶出来。
起初，苏加诺和哈达似乎相信，为了报答民