随后刘寄军乘胜前进，一举攻克了喀什噶尔回汉二城。
至1825年9月27日凌晨，张格尔见大势己去，仅带10余名亲信逃往边境，被僧格林沁率兵追至喀尔铁盖山下活捉回去。
10月底，英吉沙尔、叶尔羌与和阗等地，相继宣告收复。
此次战役大获全胜，随后龚自珍进言，在回疆建省并迁移内省流民到新疆垦荒，移民平时为民，战时可用为兵。刘寄当即一一准奏同意，并取重新夺回的疆域之意命名“新疆省”，以杨芳为首任新疆巡抚，着户部立刻在内省组织流民到新疆垦荒。
平息张格尔叛乱，为稳定西部疆域具有举足轻重的影响。随后新疆建省，在政治上进一步巩固了中央政府对西部边疆的控制。，！