但即使如此，宇智波一族内部仍然是很不稳定，宇智波内部抗议的程序日渐强烈，猿飞日斩及时的放出宇智波斑仍然在世，之前九尾在木叶村失控，四代火影死亡的事情，就是宇智波斑控制宇智波带土做下的恶事。
此举一出，宇智波一族顿时哗然，把注意力转移到宇智波斑和宇智波带土上，猿飞日斩及时的命令宇智波富岳带领那个宇智波族人去查找凶手，务必要让宇智波一族雪其耻。
说是让宇智波一族雪其耻，但是木叶村内部的利益也完全没有一丝让给宇智波一族，此前宇智波的族地也没有还回来，在宇智波一族追查宇智波斑和宇智波带土未果，没有看到什么消息后，宇智波一族开始怀疑猿飞日斩是骗他们的了。
于是，宇智波一族不过半年时间，内部不满的情绪又越加强烈起来。
猿飞日斩几乎是把宇智波一族灭族的日子拖后了一年时间。
在某个月黑风高之夜，宇智波鼬和宇智波带土，志村团藏领导的根部全员出动，在宇智波一族的族地中爆发出大战，以迅雷不及掩耳之势团灭了宇智波一族。
当晚，猿飞日斩带领着暗部和诸多的家族忍者赶到现场的时候，宇智波鼬开着须佐能乎，扔下痛苦的宇智波佐助，宇智波带土缭卷漩涡，离开这木叶村。
自此，宇智波一族在木叶灭族，只剩下一个宇智波佐助。