随后一段时间，李世民把秦府旧臣安排到重要位置，人人发挥才干，大唐国力蒸蒸日上，日子越来越红火。虽然各地不时有叛乱消息传至长安，大唐帝国战将如云，叛逆也只在平静湖面泛起的小小涟渏，影响不了局势，左右不了大政方针。螳臂挡车，自取灭亡而已。
满朝大臣精神振奋，人人有所作为时，秦琼却一病不起，严重到早朝也不能如期参加。马周等山东老乡不断前来看望他，安慰他好好养病，不要想太多。
纵观秦琼一生，隋末追随来护儿将军，以普通士卒身份得到大力提携。母亲去世，来将军派人与秦琼一同回家吊孝。有人问为什么隆遇他，来将军说秦琼志向高远，做战勇敢，出类拔萃。追随齐郡张须陀，生死关头与罗士信埋下伏兵一道杀入李明月阵营，以三万人马灭掉十万叛军，为隋末平叛立下赫赫威名。
随后，秦琼投奔瓦岗，被李密视为心腹，做替天行道之事，为朋友两肋插刀，被民间百姓热情赞扬。投奔王世充也倚为左膀右臂，秦琼、程咬金等发现王世充婆婆妈妈言而无信，不是他们想要的君王，在李世民攻打洛阳时，与程咬金等临阵倒戈，投向大唐怀抱。之后，秦琼南征北战，经略四方，有勇有谋，也被李世民视为股肱之臣。
往事并不如烟，如今却一病不起，令李世民不胜感叹，立刻派皇城医术精湛的御医，为秦琼到府上把脉送药，关心备至。
秦琼患病时间长，久不上朝，与其他朝臣的关系慢慢生疏，别有用心的人传播谣言，说秦琼想学司马懿假装生病，意欲夺取兵权，有叛逆之心。
李世民当然不信秦琼有造反之心，一手带出来的人还用别人闲言碎语说三道四？可架不住谣言前前后后无穷轰炸，更恶毒可恶的人借玄武门之事攻击秦琼。谣言说玄武门之变前，秦琼答应李世民参与政变，结果事变当天，秦琼却成了缩头乌龟，并没出现在城内支持李世民。导致李世民差点被齐王李元吉射死。
玄武门之变对李世民登上皇位意义非凡，凡是参与政变的事后都得到隆重的封赏。李世民本人也不知道事变那天秦琼究竟来了没有。当时他在城内激战，确实没见到秦琼的身影。至于秦琼是否与太子的人在城外对抗，不得而知。
秦琼病倒后，关心后代荫封问题，上书陈述自已的出身，请求皇帝通过。
李世民接到上书搁置不理，来个冷处理。
隋末唐初处在门阀把持朝政末期，世人仍十分重视出身。隋朝开国皇帝杨坚出身武川军人世家，但他的杨姓不知名，“弘农杨”在西汉时期出了一位丞相杨敞，玄孙杨震官拜太尉，四世三公，声名天下闻知。杨坚就假称自已是“弘农杨”的后代，以掩世人耳目！
大唐建国，有些武将功劳赫赫却出身卑微，在当时的风气之下，都在前朝找到同姓之人，假说成自已的祖先，以封堵世人口舌。李世民也心知肚明，凡是有这样的上书，都毫不犹豫批准同意。
秦琼的父亲秦爱出身铁匠，卑微如尘。在满朝给祖先贴金的风气下，秦琼把齐州秦彝视作自已的先祖，以图博个世袭封荫，给子孙后代找口饭吃。可是，万万料到，李世民搁置不理会！还以为陛下日理千机，一时大意忘掉，卧床不起的秦琼接连又写几封奏请递送给李世民，却都如石沉大海，杳无音信。
谣言传得久了，马周等同乡前来看望他时，把朝内的风言风语告诉了他。听到这些风言风语，秦琼心中悲愤郁闷！御医到府中再次诊治时，秦琼便郁愤质问太医：“这病还有办法治好么？”
太医出于安慰秦琼的意思，道：“小病小灾不碍事。安心将养就是，杂七杂八的事情不要想太多，以免思虑过度损伤心神。”
可这句话在秦琼听来，意思却变味了：御医暗示自已小病大养？什么叫不要想太多？天天卧床不起不能参加早朝，想想就有用？便挣扎着坐起来，拍着床沿怒吼：“大唐建国，我秦琼大小二百余战，为大唐把血都流干了，能不生病么？”
那太医根本没预料到秦琼无缘无故发大火！吓得手足无措，胆战心惊。
回去以后，李世民向御医问秦琼病情如何，御医把在秦府所见所闻如实回禀。李世民眉头皱成一团，对秦琼的话极度不满。大唐建国是所有将军裕血拼来的，不是你秦琼一个人的功劳！你秦琼夸张浮的有谋逆之心？
李世民是行为果断的皇帝，立刻找魏征商量对策。为什么找魏征？第一，魏征耿直不阿，不屈服于任何势力。即便贵为皇帝的李世民本人，他也当面顶撞不留情面，更不用提秦琼这样一位有谋逆嫌疑的大将。第二：魏征投奔的是太子李建成，不是秦王府旧臣，与秦琼关系不密切。第三：魏征足智多谋，看问题十分准确。李世民也想通过魏征给秦琼号号脉，看他到底想谋划什么不轨的企图。
听完李世民把秦琼的问题讲完以后，魏征大吃一惊。玄武门之变前，房玄龄向李世民屡次建议对太子提前下手，李世民念着手足之情下不了手。房玄龄说再耽误下去，秦王府追随他的这帮人早晚会被人家斩草除根，与其将来身首异处，还不如现在划分界线。以后，房玄龄果然淡出李世民的视线，再也不提向太子下手之事。
等李世民决定发动玄武兵变时，让尉迟敬德去叫房玄龄一起谋划。尉迟敬德担心他不会来，问李世民怎么办