现在国势衰微，各地诸侯并起，对朝廷并无多少敬意。而那蔡邕却对董卓感恩戴德，立场不稳。如果让蔡邕活了下来，那他就有可能偷偷诽谤、污蔑咱们的幼主，对咱们这些先前委曲求全的臣子也会百般诋毁！到时候不仅无益于道德教化，反而会让忠良们蒙受批评与指责！蔡邕，非死不可！”
马日磾很是无奈，知道王允拿定了主意，也只能退走。他对等候在家中的曹操说道：“王允已经打定了主意，听不进别人的劝说了。要知道，善待人才，乃是一个朝廷得以维持和发展的命脉；整理史料、流传经典，则是朝廷法统制定维护的保障之一。如今王允这般不重视贤才，切断了朝廷的命脉，阻碍了经典的传承，岂能长久？只是可惜了伯喈这个人才！”
数日后，就在曹昂服从朝廷的奏疏抵京后的第二天，就在史涣押解物资进京的前两天，蔡邕被王允下令处死！
蔡邕死讯传开之后，董卓旧部大惊。蔡邕只不过受过董卓的厚遇而已，可是就连他这样被公认的贤才都被王允活活逼死，就连曹操、马日磾等人接连求情都能被王允硬生生否决，我们这些王允眼中的逆党难道还会有什么好下场吗？！
就在蔡邕被处死后的第三天，长安城内军营中发生营啸，数十名忠于朝廷的校尉被乱军斩杀。乱军冲出营寨，冲进城里烧杀抢掠，直到吕布出面弹压并许下重赏，士兵们才听从命令返回营地，此时的长安城已经乱成一团、四处火起。
见此情况，士孙瑞赶忙跑到王允府上，劝说他以皇帝刘协的名义，赶紧下诏赦免董卓麾下各部将领，以安抚军心。
可是王允反复思量，却将这个意见否决，反而对士孙瑞说道：“部属身不由己，听从董卓调遣，这才犯下了过错，依照他们本心而言，并没有多少罪过。可是如果咱们突然给他们加上恶逆的罪名，再下令特赦他们，反而会让他们猜疑恐惧，心里无法承受。所以说，赦免他们无罪，并不能让他们安心，也不是乱军应该享受的待遇，咱们还不如让他们接受一定的惩罚，以明军纪、定人心！”
王允所说的也有些道理，士孙瑞叹息一声，也就不再相劝。消息传出后，凉州军中将领们却很是心凉。先前的营啸只是试探，没想到竟然试出如此结局。
既然朝廷不肯公开赦免大家，那就很可能秋后算账，追究大家当日在董卓帐下的罪行。当时大家抗拒关东盟军、杀了不少人，从洛阳撤往长安的路上又对百姓们烧杀抢掠，如果追究起来，谁能够在王允手中保全性命？！从此，军中传言王允有意诛杀所有凉州人，人人自危！
曹操很快听说了这个消息，为防意外，他赶紧向王允进言道：“凉州军一直害怕大人追究他们从逆的罪行，可大人却一直不肯公开赦免他们。眼下更是有传言说，大人要诛杀所有凉州人，城内外军心已经不稳！现在城中皇甫嵩资格最老、威信最高，还请王公赶紧向凉州军保证他们的安全，并派皇甫将军前往陕县统领军队、安抚军心。”
王允有些迟疑，却还是摇头说道：“朝廷做事，何必向这些武人说明，白白有损朝廷的威仪。何况西凉军盘踞陕县的时日过久，我正有意让他们移营，如果再让皇甫将军前往，说不定又要多耗些日子，现在城中钱粮不足，哪里还能耽误？！”
见王允固执己见，曹操只能叹息离开，对从人说道：“如此，中兴无望，朝廷危矣！”