嘉靖时，移除了元世祖牌位。皇帝定的祝文是：
“仰惟诸帝，昔皆奉天抚世，创治安民，皇祖景慕不忘，春秋致祭，着在令甲。兹朕特建殿宇，恭修恒祀，时维仲（春、秋）谨遣辅臣以牲帛庶品，用享列圣。予惟冲昧，敬体皇祖追报之虔，惟诸帝鉴临，来格于斯，庶副予诚之至。尚享！”
先圣先明
嘉靖九年，开始在文华殿的东间祭祀伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文王、武王、周公、孔子等十一位先圣先明，位各有主，主各有龛。伏羲至武王向南，周公向西，孔子向东。每年的仲春、仲秋“开讲”前一日，皇帝亲临致祭；每月朔望日，备具酒果，由皇帝穿上黄袍拜祭，或派大臣代拜。
六年，移祀于永明后殿，行礼的日期和方式照旧，只是后来慢慢的皇帝只派大臣代拜了。隆庆初年，取消了这一礼拜，但仍在文华殿东室行礼祭祀。
陈设的牌位名是：皇师伏羲氏圣位、皇师神农氏圣位、皇师轩辕氏圣位、帝师陶唐氏圣位、帝师有虞氏圣位、王师夏禹王圣位、王师商汤王圣位、王师周文王圣位、王师周武王圣位、先圣周公之位、先师孔子之位。
对上述十一位先圣先明，皇帝的祝文为：
“予惟后学之资，必赖先圣遗集，以为进修。兹于明日春秋开讲学，伏惟默运神机，觉我后学，俾诚正之功不替，庶治平之至可臻，而圣道永有沾民之惠矣。特用奠告，惟圣师鉴焉。谨告！”
先师孔子
明代建朝之初，皇诏正诸神封号，只有孔子得以被封爵，并规定“每岁二丁传制遣官祭于国学，每月朔朢遣内臣降香，朔日则祭酒行释菜礼。”后来，孔子一直为皇帝所拜祭。至嘉靖九年，其牌位被皇帝题为“圣先师孔子神位”，将原供奉孔子的大成殿改称先师庙。
随孔子牌位从祀的，有“四配”、“十哲”之牌位，即：
四配：复圣颜子、宗圣鲁子、述圣子思子、亚圣孟子。
十哲：先贤闵子（名损）、先贤冉子（名雍）、先贤端木子（名赐）、先贤仲子（名由）、先贤卜子（名商）、先贤冉子（名耕）、先贤宰子（名予）、先贤冉子（名求）、先贤言子（名偃）、先贤颛孙子（名师）。
其他包括先农、先蚕、先医、旗纛、五神