双弹瓦斯被撞飞，直接撞在了等待攻击的阿伯怪的身上。阿伯怪向后倒去，将身后不远处的武藏和小次郎撞倒在地。
就在小智等人好奇到底发生了什么的时候，3d龙身上突然冒出一个显示屏，秋叶原博士为他们介绍道“3d龙刚刚使用的是叫变性的绝招。3d龙可以复制其他小精灵的属性，贴在自己的表面。”
喵喵听到秋叶原博士的花后，气愤的喊道“既然这样的话，我们也用3d龙战斗吧。”
武藏迷迷糊糊的抬起手，丢出一个精灵球喊道“3d零号机，去吧。”
小智他们快速的从3d龙的身上下来，3d龙初号机和3d龙零号机在电脑世界打了起来。一个变成矛的话，另外一个便变成盾。二者相持不下，这样下去根本就分不出胜负。
秋叶原见小智他们忘记该干什么了，赶紧提醒小智他们，趁机会去把拦住精灵球的栅栏清理了。
小智这才想起来他们来是为了处理精灵球消失的问题。小茂尴尬的摸了下鼻子，虽然他记得他们来是干嘛的，但这么好的一个收集数据的机会，就这样错过了。略有些不甘心啊。
小智四人快速的撤着栅栏，火箭队见精灵球都开始四散飞去，急忙跑过来补救。皮卡丘和伊布见此，连忙使用电击和高速星星来阻止他们。
利欧路见守护没自己的事，便主动去帮小智他们搬栅栏。火箭队是又被电又被打，好不容易缓过来，3d零号机也被3d初号机撞落下来，落在他们身上。顺势将他们打飞出去。
在小智等人获胜后，秋叶原博士像是发现了什么一般的离开了。給人的感觉很是慌张。在搞清是神奇宝贝中心那边的问题后，秋叶原博士立刻打电话给乔伊，询问对方对自己的传送程序做了什么。在听到乔伊说，小精灵中心派人来安疫苗系统，进行强力杀毒，秋叶原博士不由惊呼，他们好不容易将火箭队打跑，马上就要将道路清理干净的时候，居然来了一个强效杀毒软件！
意识到事情要遭殃的秋叶原博士快速的去通知小智他们。小智等人还来不及惊慌，就听到原本安静的电脑世界突然响起了警笛。
只见那个疑似救护车的疫苗程序，在发现他们的瞬间，便让程序瞄准了他们。准备清理，小智急忙让3d龙过来，然后乘坐上去。
3d龙飞起后，刚好看到了往这边赶的火箭队一行人。武藏还不知道发生了什么事，依旧在哪里叫嚣着，要和小智他们进行决斗。
小智大声的喊道“你们还不快点逃走的话，就会永远都回不去现实世界了哦！”
武藏等人还在迷茫着，小智已经被利欧路拽了回来。利欧路答应小茂，要照顾好小智的。
疫苗软件将火箭队立着的大的停止盘炸废后，精灵球开始进行固定的传送。被积压的大量的精灵球四散开来。火箭队被精灵球推了出去。而在火箭队的前方，疫苗软件正稳定的驶来。
就在武藏和小次郎以为自己即将要死在电脑世界里时，喵喵乘坐在3d龙身上，大声的问道“你们在胡说什么啊，再不快点上来，我就要逃走了。”
武藏和小次郎这才想起来，他们有3d龙。急忙爬了上去，然后全速开逃。
在小智和火箭队身后，疫苗系统见病毒如此顽强，开始了变形。更具有攻击性的外形，让小智他们不得不催促着3d龙加速逃跑。然而疫苗系统怎么会让作为病毒存在的小智等人如此轻易逃脱？释放出的追踪导弹直接导致小智他们翻船，从3d龙的身上掉了下去。
斗系的小精灵，拿这种完全失重的环境根本没有办法。好在3d龙很快的恢复了神智，及时的冲了下来，接住了他们。
于此同时，秋叶原博士也为他们指明了离开电脑世界的出口。眼看出口近在眼前，小智为3d龙打气道“很好，快点，3d龙。”
就在小智他们看到出口，马上就可以离开电脑世界时，神奇宝贝中心的工作室内。乔伊和小精灵中心派来的程序员，正盯着电脑。看着代表病毒的红点四处窜逃。打开了疫苗系统最为强大的指令。
疫苗系统居然使用了能量炮，那一瞬间造成的巨大能量，直接导致了传送系统出现了错误。
乔伊在听到程序员说因为之前的攻击，导致系统出现了错误后。直接用疑似命令的口气道“请你快点修复好它，还有禁止使用刚才那个指令。如果传送系统崩溃，那些小精灵都会消失的。”
当武藏睁开眼时，便看到天上有个奇怪的洞，四周黑还带了点蓝。不由开口问道“这是哪里？”
“我们落入故障区的洞里了。”喵喵在一旁回答了武藏的问题。
“如果我们不赶快离开这里，疫苗就要来了。”小次郎在墙边进行着努力。
然而让火箭队觉得绝望的是，3d龙因为之前的爆炸而晕了过去。他们如今算是孤立无援了。
小智他们即将逃出电脑世界，但是因为火箭队他们掉进未知的洞中，小智觉得他们应该去把他们救出来。
小霞并不赞同小智的这个想法。小智紧抿着唇看着火箭队所在的洞口，发着呆。
利欧路看向小茂，小茂看着小智，最后无奈的叹了口气。挪到小智身旁，轻声道“那毕竟是人命不是吗？既然还能努力一把，何必放弃努力的机会，而让未来去悔过？”
小智吃惊的看着小茂，小茂却是笑着拍了拍小智的肩膀。小霞和小刚见小茂这么说了，