在东京国际军事法庭上，除了一班胡搅蛮缠的日本和美国律师外，还有一班证人，他们本身就是受到指控或逃避了指控的战犯，他们相互勾结，颠倒黑自制造伪证，给审讯带来许多麻烦。对于土肥原的上述罪行，在有当事人溥仪出庭作证、事实昭明的情况下，不仅板垣为其掩饰，日本当年驻天津的总领事桑岛主计在出庭作证时，也为其狡赖。土肥原到天津进行挟持溥仪的阴谋活动时，桑岛曾屡次劝阻，并用电报告知日本外务省，最后又长电给币原外相，详细叙述了土肥原如何不听劝告，煽动天津保安队闹事，将溥仪装入箱内秘密送走的经过。这些电报被我方检察官从外务省秘密档案中查获，并引入证词。而桑岛在法庭上竟然说这些是当时听信了流言写出来的，不足为信。检察官当即诘问：“电报中关于你和土肥原的几次谈话，是不是外边的流言呢?”桑岛倒噎了一口气，讪讪地退下。
受到指控的初始，坐在被告席上的土肥原极为紧张焦虑，他不知道一个致命的证据是否落到了公诉方的手里。1943年12月27日，于日本本土东部防卫司令部，土肥原在8张粗糙的陆军省格纸上亲笔写下了罪恶的记录。他写道：“我于中途才参加满洲事变的计划。石原和板垣有意接溥仪回满洲。我任奉天市长一个半月后就被派到天津，目的是要在天津闹事，准备在华北闹得天翻地覆，并乘着慌乱把溥仪带走。我以前就认识溥仪，向他劝说时他提出各种条件，我说就是接受了你的条件，由于情势会不断变化也没有把握，故要紧的还是胆量。当时天津驻屯军只有一个大队左右，因此我们也动员了警察。我们乘警戒溥仪公馆的警察因天津事件出去时，把溥仪带出来送上了‘淡路丸。”土肥原还写道：“那时，币原外相曾训令说，如果溥仪想逃跑，可以把他杀掉。溥仪逃出天津，中国人也出力不小。”
但是这份弥足珍贵的证据当时并没有落到法庭手中，而是在一个负责保管它的日本人手里。这个日本人为了避免被国际军事法庭觉，志愿去由中国大陆撤退，日本人的船上工作。他把材料也带上了船，万一遇到什么情况，也可就手把它扔到海里。当1977年这个日本人把材料公诸于众时，仍不愿透露自己的名字。
土肥原见法庭并没有掌握这个证据，收紧的身体渐渐地松开了，甚至露出满不在乎的神情。他大概由此还认为他所犯下的罪行都包藏在幕后，法庭抓不住什么东西。这个富于心计的赌徒没有全错，对他的罪行的索证确实很困难。国民党政府军政部、司法部都拿不出什么有力的证据，倪征噢在赴东京前，特意找到在押的伪满洲国议院议长赵欣伯，让他提供土肥原和板垣制造满洲国傀儡政权的罪证，赵应承并写了一部分，但第二次找他时，他却变了卦，把已写出的一部分扔进煤炉烧成了灰烬，并拒绝再动笔。
但是，土肥原做梦也没有想到，昔日曾经与他一起策划并实施了“九一八”事变，并建立伪满洲国的关东军同僚里，有人在法庭上站了出来。
随着审讯工作的步步深入，国际检察局的检察官以越来越充分的证据，一层层地剥开紧紧包裹着他的黑幕和假象，把他阴影一样的原形暴露在阳光之下。
土肥原有一洋一土两个别号，一个取自英国名声广播的间谍劳伦斯，叫作“东方劳伦斯”；另一个取自他本名的汉话谐音，叫作“土匪原”。这两个别号恰到好处地剥露出他阴险诡诈和残暴毒辣的双重性格。这两个别号也包含着他罪恶的荣耀和历史。土肥原完全是靠在中国从事间谍阴谋活动起家的日本法西斯军人。1883年8月8日，他降生在冈山县的一个军人家庭。1912年以优异成绩于陆军大学毕业。次年被派到日本陆军在北京的间谍窝“坂西公馆”，担任特务头目坂西利八郎的副官。到北京不久，他就能操一口流利的京腔，加上那副“敦厚诚实，乐天善谈”、给人以“温雅可近”印象的假面，他很快就结交了许多中国人，其中不乏各界的头面人物。他的家中常常宾客云集，中国的山珍海味和日本的茶道，交替组织着热气腾腾的场面。就在这人声鼎沸的时候，他总是静静地站在一边，竖起警觉的耳朵。他就这样隐蔽着开始施展他阴晦的才华。1第二次直奉战争爆时，他竭力帮助亲日的奉系军阀张作霖与英美扶植的直系军阀作战，并暗中策划用停止银行兑换等手段，导致直系军阀行的纸币作废，从而加了它的垮台。当奉系军阀头目张作霖的势力从东北扩展到北京，依仗自己的实力，急欲摆脱日本人的控制时，这个傀儡反成了障碍，土肥原又参与密谋，于1928年6月1日在沈阳郊区的皇姑屯炸翻了张作霖乘坐的花车，张作霖当场毙命。土肥原由此奠定了他的名声和地位。其实在此之前，土肥原就有过令人侧目的杰作。192o年，他奉命前往民港调查中国炮舰事件，从锅炉房的耗煤记录中现炮击那天耗煤量常，进而确证炮舰有过活动。还曾利用与山西土皇帝阎百川的同学关系，到山西各地去旅行，悄悄地对那里的兵要地理进行了详密的侦察。“七;七”事变爆后，当日军侵犯山西时，国民政府军队仗着雁门关是天险而疏于守备，不料日军比国民政府军队还要熟悉地形