在影片的下半部分，李杰明等人找到机会，驾机逃跑，而李杰明也骑着他曾驯服的飞龙兽“魅影”，到达了族人暂居的神树下，呼吁纳威族人作出反抗，他终于又得到纳威族人的信任。
在他的呼吁下，纳威族人们联络了潘多拉星球上了其他民族的人，一起组建了一支几千人的反抗军，形成了陆空两路的防线。
很快，采矿公司的军队也发现了纳威族族人的反抗迹象，他们迅速装填了大量的高烈性炸药，准备提前消灭纳威族人。于是，纳威族人的反抗联盟和采矿公司的军队展开了血战！
在所有纳威族人的共同努力下，反抗军最终打败了人类，而人类的军队指挥也被杀死，纳威族人在李杰明的帮助下，将遣送采矿公司全部离开潘多拉星球。在纳威族的精神领袖的带领下，纳威族族人用自己的感受器（辫子）与神树相连，借助神树的力量，将李杰明的灵魂转移到他的那具克隆阿凡达身上。
影片的最后，李杰明最终成为了这个星球上纳威族人的领袖。