自1523年起。由于出现继承人问题的争议，波旁公国的爵位一直空缺。其资产暂时归属法国王室。1527年。法王弗朗索瓦一世将波旁公国以及公爵爵位授予旺多姆公爵夏尔。自此，拉马尔什-旺多姆分支获得波旁公国。而这个公国也是波旁家族日后夺得法国王位的重要资本。
法王亨利四世，即纳瓦拉王恩里克三世
夏尔的儿子，第9代波旁公爵安托艾涅?德?波旁于1548年10月12日与纳瓦拉女王储让娜?达布雷特结婚。他们的长子亨利?德?波旁在1572年母亲去世后继承了纳瓦拉王国。是为纳瓦拉国王恩里克三世。自此波旁家族入主了这个王国。虽然此时的纳瓦拉的疆域只是全盛时期的一小半，但足以成为日后波旁家族争夺法国王位的重要基地。
亨利?德?波旁在纳瓦拉时，跟随母亲信奉新教的胡格诺派。由于亨利的法国贵族的身分，在他继位为纳瓦拉国王的时候，就成为了法国胡格诺派的领袖。再加上波旁家族的其他分支，和主导法国政坛，以天主教狂热份子为主的吉斯家族出现了纷争。导致亨利无可避免地被卷入了残酷的法国宗教战争。为求自保，亨利数次改信天主教，但私底下依旧保持自己对胡格诺派的忠诚。
宗教战争不但夺取大量法国平民伤亡，也间接导致了瓦卢瓦-昂古莱姆家族的人丁凋零。昂古莱姆王朝的第二代君主亨利二世的三个儿子都成为了法国国王。而当中弗朗索瓦二世和夏尔九世皆在青年早逝。他们的弟弟亨利三世继承了王位，而他们最小的弟弟，阿朗松公爵弗朗索瓦成为王储。1584年，弗朗索瓦王储遇刺身亡，按照萨利克继承法法国王位只可传予雨果?卡佩男性系后裔中的男子，而波旁家族就是第一顺位家族，亨利?德?波旁由此成为法国王位的合法继承人，并被软禁在法国宫廷里，接受王家的庇护。
亨利?德?波旁具有的胡格诺派背景。导致很多法国天主教的不满。令他的入主法国之路充满危机。而另一方面在血缘上，波旁家族的另一个分支。布赛特分支与亨利所属的拉马尔什-旺多姆分支相比，更亲近于当权的瓦卢瓦-昂古莱姆家族。只是布赛特分支的祖先，因婚姻未获法王路易十一的钦准。而被取消王位继承资格。但最终亨利?德?波旁在1589年，亨利三世遇刺身亡后，顺利即位为法国国王。而纳瓦拉王国亦同时并入法国，纳瓦拉国王也成为以后历任法王众多头衔的其中一个。
亨利四世即位后，主动结束了困扰法国多年的宗教战争，令法国的经济得以复苏。1598年，亨利四世颁布了南特敕令，施行宗教宽容政策，令很多信奉基督新教的手工业者留在法国，促进了法国经济的繁荣。但亨利四世的宗教宽容政策，随着他的驾崩而被终止施行。
1700年，西班牙哈布斯堡王室最后的男丁，卡洛斯二世的去世，结束了哈布斯堡家族对西班牙历145的统治。卡洛斯二世的遗诏，是把王位传给了他的外甥，来自波旁王室的法王路易十四之次孙安茹公爵菲利普，而非他的奥地利堂亲。路易十四随即将次孙推上西班牙王位，是为西班牙王菲利佩五世。而他捍卫孙儿继承权的强硬立场，导致西班牙王位继承战争于1702年爆发。
战事持续到1711年，此时波旁王室已在西班牙站稳了脚，且表示愿意为英荷两国商人提供贸易优惠和保障，导致哈布斯堡联军的瓦解。1714年，西奥两国签署和约，奥地利哈布斯堡王室承认波旁王室入主西班牙，但腓力五世及其后代必须放弃对法国王位的继承权。自此，西法两国波旁王室正式分家，也揭开了波旁王室对西班牙断断续续统治三个多世纪的首页。
法国大革命 法国的宗教宽容时期随着亨利四世的驾崩而逝去。随后的波旁君主恢复了对基督新教徒的压迫，导致大量信奉胡格诺派的手工业者离开法国，加上王室生活挥霍，国家连年用兵。导致法国经济逐渐走下坡。而随经济衰退而来的还有社会矛盾，税制不公、政府**、罗马天主教会特权和土地兼并严重等因素都增加了法国社会不稳定的因素。而美国战争引起民主思潮和法国国内的启蒙运动思潮，成为了法国大革命的催化剂。
1789年，由于法国王室的财政问题，法王路易十六被迫重开sān_jí议会，但增税的要求遭到否决，导致法资产阶级和王室的武装斗争开始。初时资产阶级代表仅是将国家体制有君主**转为君主立宪制，但亦遭到欧洲列强的反对，继而借机入侵法国。而此时路易十六的王后玛丽?安托瓦内特涉嫌向娘家奥地利通风报信。惹来极大民愤。波旁王朝终于在1792年8月10日被巴黎民众的起义推翻。最终，路易十六在1793年1月21日成为法国历史上唯一一位被送上断头台的君主。
在路易十六被处决后，部分保王党人士宣称其长子，王太子路易?查理为法王路易十七。但那时法国已为共和国，这宣称也无实际效用。而路易十七也没熬过法国大革命，于1795年在狱中死去，得年10岁。此后，路易十六的弟弟，流亡俄罗斯的普罗旺斯伯爵路易成为王位继承人。
法国大革命期间不健全的政府制度，造就了拿破仑这个法兰西人民的皇帝。但法国和拿破仑的霸业并不能维