“而刚刚赢得战争的机器文明，如果他们允许各种无用的甚至有害的，彼此矛盾对立冲突的变异程序存在，那么由于其高度协同性以及信息传播高速性的特点，势必等于纵容各种危险病毒的泛滥，机器文明本身就会被各种有害变异程序彻底弄崩溃；而如果他们为了自身安全起见，严格执行无用或有害程序删除限制的原则，那么实际上一切基础理论的变革萌芽都会被当成是病毒杀死删除，这样一来，机器文明永远只能在一个水平上重复，而不会出现真正革命性的进步。”
“所以为了解决这个两难局面，机器文明就创立了矩阵。在矩阵内部模拟类人生物的社会思维产生交流的环境，作为矩阵内大部分程序都必须遵守的规则。通过矩阵与外部机器世界的相对隔离，允许在矩阵内部的机器程序具有独立的个性自由，能够自由变异，而外部机器世界发生变异的程序，也不再是直接删除，而通过送入矩阵加以保存。再把矩阵内部证明确实为有价值的新变异程序通过规定的渠道送到外部机器世界加以利用。”
“机器文明以期通过这个办法，在一定程度上既保留自己原有的特点，同时也避免自身文明进化的两难局面。但是机器文明在创立矩阵之后并非万事大吉，依然有着隐患。最显著的就是，矩阵内部充斥满了各种不同类型的变异程序，或者也可以说不同个性不同思想的独立意识，而在矩阵外部的机器文明本体，则由于其高度协同性一致性，几乎可以看成是一个单独的意识来对待。那这样隐患则来自几个方面：”
“首先矩阵外部的机器文明本体，其程序发生有害变异并且无法及时把这种变异隔离送入矩阵内部的可能性依然存在，而一旦这种情况发生，由于机器文明本体意识的单一性，带来的后果可能是致命的灭顶之灾，甚至可能连相对隔离的矩阵也被连带毁灭。”
“其次矩阵内部各种变异程序可以在矩阵本身设定的规则范围内自由发展，问题是矩阵和机器文明之间隔离并不能绝对有效的防止一切变异程序的渗透，而一旦发生这种意外的渗透，同样可能对机器文明产生违背初衷的后果。而且按照机器文明设立矩阵的目的，矩阵内部的基础理论革新会永远走在矩阵外部的机器文明之前，这同样可能带来无法预料的危险后果。”
“基于这些原因，机器文明开始对矩阵进行革新，除了矩阵，更是形成了另外三个用来保证安全的东西，分别是西格马向量、先知、等离子能量室，靠着这三大核心，用来保证矩阵内部安全运行，同时能够输出先进理论，又不会威胁到机器文明的大一统的意识。”
“这样，机器文明逐渐形成了几个相互独立，又相互联系相互牵制的部分。首先是几乎为单一意识控制的矩阵外部机器世界；其次是控制个体意识出入矩阵的西格马向量；再次是负责对矩阵信息进行管理并升级的先知；最后是能用来紧急中断一切机器活动，甚至能把它们都重新格式化，恢复到最初设置的等离子能量室。”