就在泸州之战打响前几天，远在东南海面上也正上演着一幕声势浩大的海战，郑芝龙亲率战船三百艘，水师官兵两万及陆战步军一万人协同作战。
荷兰驻台湾总督揆一从巴达维亚（今属印度）急调最新式风帆战舰十二艘前来增援，在郑芝龙大举进攻开始前便已经在赤嵌城外的海面上排开了阵式。
双方不宣而战，三万郑军只用了三日便横渡了台湾海峡，到达澎湖列岛，并立即在几个紧要的岛屿上修建堡垒，作为进攻台湾的跳板，千帆招展，巨桅赫赫的郑氏水师的出现，吓得赤嵌城外的荷兰战舰不敢轻易出港开战，并派人拉笼郑芝龙，以求和议。
郑芝龙现在哪会理睬他们，台湾之战是他称霸大海的第一步，大明的别人不知道，可他是清楚的，荷兰舰队是唯一能在海上与他匹敌的对手，打败了他们，在这之后，如果朝廷同意的话，他很有可能直接到上荷兰本土，虽然郑芝龙还不太确定是否能找到这个小洋国在哪。
一面和荷兰使者周旋，一面等待着涨潮，终于在九月十六这天，海潮到了，郑龙芝果断斩荷兰使者祭了大旗，遂及于当夜下令全军出发，趁着一夜涨潮期，于翌日清晨驶进了鹿耳门内海。
战况传入赤嵌城，荷兰守军大惊，知和谈无望，也只能尽力一战，在这座岛上，他们花了太多的心思，荷兰本土誓死也不会放弃。
六十艘荷兰战舰迅速加入战局，双方在赤嵌港口激战。
要说郑氏的战船不管是多吨位还是火力上都逊荷兰船不少，但老虎也架不住群狼，双方刚刚接战，荷军指挥范德兰便将战舰排成一条直线，二千四百门舷炮一齐喷火，同时，郑军的三百艘战船也拉开了阵式，海战也没有第二种进攻阵型可选，双方无一例外都是一字长蛇阵。
带着火星的无数炮弹在不到一里宽的海面上横冲直撞，由于郑氏战船的大炮射程不够，只能先硬抗几轮对方的炮击，为此十余条战船在顷刻间几乎被打成了碎片，海面上到处都可以见到木屑和与海水搏斗的水手。
终于，郑氏战船进入了自己火炮的有效射程，一百艘战船拉直了船体，抛开巨锚，郑芝龙就是这样镇定，老子就是不移位，同样以火炮密集的舷炮击敌，同时也有二十几艘以船首主炮轰击，每船的主炮虽然只有两门，但威力却是舷炮的两倍有余，双方以火力和数量堪堪战平，都占不到便宜，实在是一场消耗战，打沉一艘双方都是五千两银子和数百兵水手要葬死海底。
郑芝龙浸淫海战二十年，虽然此战是他有生以来最浩大的一战，可战法依然万变不离其踪，吸引火力，穿插，包围，聚歼。
郑氏水师当即分出其余的两百艘战船，从两翼包抄过去，尽管这一战法人人都会，可荷兰战船却也无能为力，要么退出战场，要么被三百艘战船围在圆心挨炮弹，再或者尽力一博，以高于对手的坚船利炮击溃他们，从眼面的海面上看来，荷兰人无疑很自信，自诩‘海上马车夫’的荷兰舰队从未败过，正好，两边的舷炮都能打响。
大海上的风向从来都不是固定的，负责两翼包抄的两百艘战船行动很缓慢，一直到那一百艘战船损失近半时，才终于完成了合围，万炮齐发，海面上沸腾不止，炮弹掀起的巨浪无比骇人，双方战船不断钻入水底，炮击一直持续了一个多时辰，无数的尸体在海浪中翻滚，死者难以计数。
数量上的优势是显而易见的，蚊子多了也能咬死人，尽管荷兰战舰船坚炮利，可战斗打到现在，左右两舷的炮管都红了，好像再打一炮就要炸膛似的，而郑军却可以调转船身，以另一侧的舷炮继续轰击，战局的天平突然倾斜，完全倒向了郑军一边，此时的荷兰人根本没有还手的能力，炮管的冷却是需要时间的，而在这之前，他们能做的就是登船近战。
就这样，一路挨炸和三十多艘荷兰战船望着郑军的指挥船冲了上去，企图能在短兵相接中干掉对方的指挥系统。
终于，郑氏的火炮也哑了，炮小发热得更快，郑芝龙打出旗号询问各舰队的损失情况，一问之下，立即肉疼，以五十五艘沉没，二十艘重伤退出战斗的代价击沉击伤击沉对方三十余艘，代价是高了些，但身为全军统帅，要的只是战争结果，要算帐，先打完仗再说。
郑氏指挥舰上旗语频发，战船的阵列上开出几个口子，只见一艘艘两丈不到的小舟从口子中鱼贯而入，数量多得难以尽数，这种船只虽小，可在海战的短刀相接中威力比巨舰都强。
每一艘郑氏战船上都配有这种小舟十艘，既可作登陆冲锋舟也可以作为救生船，每船六名水手，六把小桨一齐划动，迅疾如飞，当然他的最大用作还是‘蚁附’。
小舟多得如蚂蚁一般从四面八方涌出，将三十余荷兰战舰团团围住，紧紧的贴住它他，用弓箭和火枪在盾牌的掩护朝上面攻击，而等这几千条小舟全都挤到一块的时候，海面如同平地，海战也迅速转化成了‘蚁附’攻城战，几乎每一条荷兰战舰船体四周都密密麻麻的有人在往上爬，看得巨舰上的荷兰人头皮都麻，当然这还不是最吓人的，因为有那咚咚的凿船声从海底传来，不少船已经开经有海水渗入，转眼间就是海入喷涌进各个仓室。
荷军指挥面对这种打法，实在是心有余而力不足，只得下令攻击停止，突围。
随着时间的推移，鹿耳