广州是华南沿海最大的城市，也是华南政治、经济、军事、文化中心；抗战爆发后，成为中国与海外联系的重要通道之一。日军侵占华北、华东各重要地区后，广州更成为利用香港输入外援物资的主要枢纽。
早在淞沪抗战结束时，日本大本营就决定切断这一最大的外援路线，以便削弱国民政府继续抗战的意志，并做好了进攻作战的准备和计划，预定于1937年12月26日在大亚湾登陆。但因12月12日，日军在南京长江上游炸沉美国炮舰“巴纳”号和击沉英国炮舰“莱迪巴德”号引起纠纷，恐怕国际关系恶化，根据海军“中国方面舰队”司令官长谷川清的建议，于12月22日决定暂停对广州作战。
1938年7月，日本参谋本部在《以秋季作战为中心的战争指导要点》中，同时制定了进攻武汉和进攻广州的战略指导，并要求“尽量缩短汉口作战和广州作战的时间间隔”；明确“广州作战的目的，在于一面切断蒋政权的主要补给线，一面使第三国，特别是英国的援蒋意图受到挫折”。
在作战指导上，规定“采取急袭方式，果断迅速地攻占广州；以后在广州附近切断粤汉线，珠江、西江，采取紧缩、持久的态势”。
同年8月10日，日本、苏联签订了停战协定，张鼓峰事件结束，日本解决了后顾之忧。9月7日，日本大本营御前会议决定，由陆、海军协同进攻广州，同时编组第21军，以古庄干郎为司令官。
9月19日，大本营下达了进攻广州的“大陆令”、“大海令”及陆第21军、海第5舰队的战斗序列和指挥系统。
第21军及第5舰队商定：从10月12日开始，以第18师团、第104师团主力及第5师团第9旅团在大亚湾登陆，经平山（惠东）、平潭向惠州一带东江推进；待第5师团主力到达后，突破东江防线，分路向广州西进，于10月27日在珠江登陆，攻占虎门要塞后，由南向北配合主力进攻广州。
第21军序列的三个师团在大连、青岛、上海集结，进行登陆训练，并于9月24日派出作战参谋进行了海上侦察。10月2日，第21军司令部进至澎湖列岛之马公岛。10月7日，参加首期作战部队分乘运输舰船，先后到达马公岛附近海面，完成了作战准备，待命行动。
9月7日，广东省省长吴铁城向蒋介石报告：得到情报，日军在进攻武汉期间，“拟同时进犯华南。其登陆地点似将在大亚湾，现敌已派前驻瑞士公使矢田到香港筹备南侵计划。”
10月8日，吴铁城又以急电报告蒋介石：“据香港英军情报机关消息，敌拟派四师团一混成旅团大举南犯，或在真日（11日）前后发动。”
但是，蒋介石对此情报不以为然，认为是“谣言”，是日本的“反宣传”，便召见何应钦，听取何应钦对吴铁城急电的看法。
何应钦说：“委座，吴铁城胆小怕事，必是听信了谣言，我们千万不可受其干扰。我们现在正围歼万家岭之敌，日军慌了神，匆忙调兵遣将救援不及，哪里还有可能在广州发动战争呢？”
蒋介石说：“我也认为，目前广州地区不会发生大的战事。我预料，一定会在我们放弃武汉之后，日寇才会移兵由赣北进攻广东。到那时我们在赣北的部队，一部分可以向广东方面撤退，以加强广东方面的防御，也为时不迟嘛！”
何应钦说：“委座所言极是。”