等觐见面君时，皇帝亲自在议政堂接见，何腾蛟大表忠心，直斥谣言之非，朱由榔闻言勉励了几句，表示对他完全信任，然后在偏殿赐宴，为何腾蛟接风洗尘，何腾蛟受宠若惊。
见过皇帝后，何腾蛟第二天大学士，次辅之尊，入驻内阁视事。
只是好景不长，十余日后，在他还没有完全享受到次辅的权位带来的快感时，一封弹劾奏疏再次将他推上了风浪尖口。
何腾蛟颤抖的拿着通政司刚刚公布出的塘报，一排排触目惊心的文字映入眼帘：
“臣监察御史王立科冒死弹劾次辅何腾蛟，其总督湖广三年之久，身为一方父母，利民者无一举，却戕害百姓，刮尽民脂民膏，还纵兵劫掠，以至民不聊生，百姓陷于水火，此罪一！
朝廷授其临机专断之权，总督湖广军政，而其经营湖广三载，号十三镇三十万兵马，一旦交战，望风而逃，接连失地辱国，此罪二！
其身为朝廷命官，不知尽心国事，却结党营私，党同伐异，挑拨离间，逼反忠良，此罪三！
有此三罪，国法难容，臣请将其下监狱问罪，以正朝纲，望陛下明鉴，臣叩首。”(www.2345xs.cc 2345小说网。)