从那时起叶洪毅少校就对“阿提拉计划”产生了怀疑，当时少校已属军方高层，并且直接负责训练第5代兵人。经过他的暗中调查，终于发现了部分真相，原来整个培养超能者的“阿提拉计划”也只不过是个幌子，包括军方在内的很多机构都不过是政府的玩偶，一个代号“溯源”的绝密计划才是他们的真正目的。
联合体政府为什么不惜投入巨大的资源，设立重重迷雾来掩盖这个所谓的“溯源”计划呢?原来这竟跟联合体的元首，同时也是美利坚合众国的最后一任总统——约翰.威尔顿有关。
“纽约末日”之后，当时的美国政府进行了大规模的调查，通过取缔银杏生物科技公司在美国各处的研究机构，派遣人员进入赤域等手段收集了大量情报信息，可惜这些情报信息还没来得及发挥作用美国政府就倒台了。作为美国最后一任总统的约翰.威尔顿怀揣着这些重要情报信息开始了他传奇式的后半生，他四处奔走，联系各个州的武装组织和地方军阀，组建了阿美独立国家联合体政府。
联合体政府在之后的几十年里经历了快速发展、由盛转衰、风雨飘摇等阶段。在最危急的时刻，作为联合体政府元首的约翰.威尔顿决定利用手中的情报信息实施一个孤注一掷的计划——找出“赤魔病毒”产生的源头，掌握控制病毒的技术，这就是“溯源”计划的由来。
随后叶洪毅少校被指派参与了塑源计划的二号方案，他所能了解到的东西就更多了。首先，“源发物”是银杏生物科技公司对病毒源头的称呼，不过它具体是个什么东西谁也不知道。而“源发物质”则是一种通过实验获得的物质，这种物质具有“源发物”的某些特性。
在塑源计划的一号方案中，研究人员通过兵人胚胎实验，成功提取出了“源发物质”，可是在使用时却遇到了问题，根据情报显示，只要把“源发物质”注入超能者体内，那么这些超能者便能拥有控制“赤魔病毒”的能力，能使沉睡在基因组件中的病毒“复活”，甚至能操纵被病毒感染的生物。可是在现实中，实验却屡遭失败，不但将那些几经辛苦提取的“源发物质”消耗殆尽，连仅有的5名超能者也实验中死亡过半。
塑源计划陷入了进退两难的境地，迫于无奈启动了二号方案。同时，研究人员不再冒险将剩余的两名超能者作为实验对象，转而将目标对准了其他幸存的74名兵人实验体——其中当然包括翔宇和伊芙。
这下叶洪毅少校坐不住了，他那时已将翔宇和伊芙视为儿女般的存在，他想了各种方法避免两人成为试验品，包括让翔宇去偏远的地方进行实战训练，为伊芙申请封闭式的间谍培训课程等。
但少校最为担心的事情还是发生了，在一次看似普通的例行健康检查中，伊芙被秘密注射了“源发物质”，虽然她依然顽强地活了下来，体内的基因却变得紊乱，健康状况每况愈下。
为了拯救翔宇和伊芙，叶洪毅少校毅然背叛了曾经发誓效忠的阿美独立国家联合体政府。他盗取了政府的绝密档案，为两人安排好了出逃计划，然后又亲自参加了极为危险的“源发物”搜寻行动，因为他相信只有这样才有一丝机会治愈被“源发物质”感染的伊芙。
少校啊，你默默付出了这么多，却从不让我和伊芙知道，是嫌我们根本帮不上忙么。解码仪前的翔宇此刻感慨万千，缠绕在心头多年的谜团终于解开，同时也代表他正式接下了少校未能完成的目标，找到“源发物”，挽救伊芙的生命！
说到这个关系重大的“源发物”可是个极其神秘的东西，首先银杏生物科技公司很少提起它的来源，即使是当年的美国政府也没能获得关于它的确切情报，只知道“源发物”是该公司所有研究的核心，即是“赤魔病毒”的源头，又可以控制或是将病毒消灭于无形，更为神奇的是它具有使某些生物起死回生功能，银杏生物科技公司当年的实验报告中称“源发物”能将生物体内的基因重组并调节到最佳状态，效果比任何现代基因技术都更好，而且没有发现其他副作用，所以叶洪毅少校认为只有找到“源发物”才能从根本上解决伊芙的问题。
翔宇将解码仪旁放着的银白色头盔戴在头上，他伸出手指在头盔上轻点了几下，头盔的目镜位置亮起了黄光，翔宇眼前出现了几个红色影像，这些影像是隔壁研究人员的热能成像，隔着一堵超过2米的水泥砖墙，翔宇仍能清晰地观察到他们的一举一动，他又在头盔上点了一下，通讯装置里传来了断断续续的对话声：“20的……4a的宽口钳。”“生物电…...阀值，……增幅器吗？”“不……就，把……”虽然听的不是很真切，但翔宇已能大概猜出他们在讨论什么。经过几次测试，他对这个新的防辐射头盔还是比较满意的，有了它，再加上那件还在改造的纳米特战服，以及那些新购买的武器装备，他对实施接下来的计划有了一定把握。
本来按照翔宇原来的想发，他将很快带伊芙离开赤域地区，他从商人盖比那里购买齐托拉联盟的公民身份也正是为了这个目的。但得到叶洪毅少校遗留的信息后他改变了计划，他决定再次进入赤域内圈，甚至深入危险的赤域中心，他的目的有两个：一是找到“源发物”，彻底治好伊芙；二是争取获得更多的新品种基因组件，为以后的生活积累资金