明军攻克永宁之后，以此为据点，对深藏在各处山寨的叛军采取了摧枯拉朽似的扫荡，没用多长时间就攻下了红崖、白崖、天台、楠木诸寨，生擒叛将周邦泰，降叛军两万。总兵卢世卿擒叛军御史汪泽远、参谋文道南；副将秦翼明俘叛军监军夏奇云、给事中孔闻过，奢崇明父子败走蔺州。
蔺州是彝人的最后一个聚居地，同时也是彝人的大本营。奢崇明企图依托这个山城死守，但他显然低估了朱燮元的决心和意志，在明军的重重围困之下，蔺州二日之内便告城破，明军参将罗乾象攻入城后，奢崇明和奢寅不敢死拼，带着近千名心腹往水西龙场退去，彻底放弃了川南所有的一切。
至此，为祸四川多年的奢崇明之乱终于被明军平定，奢崇明在川南所占的城池和土地尽皆被明军收复，奢崇明的主力部队也基本被明军剿灭，再也不能翻起什么波浪。
但是，“奢安之乱”之所以被称为“奢安之乱”，是因为除了奢崇明这个彝人土司之外，世居贵州水西一带的当地大土司安氏也趁着奢崇明反明，发动了叛乱。如果说奢崇明让大明朝廷翻起了波浪的话，那么，水西安氏则足以让大明朝的这艘巨舰船毁人亡。
水西安氏从蜀汉时便扎根水西，盘根在贵州西北千余年，在水西根基深厚，兼之四方联姻，故地域最大，兵力最强；以往西南平叛，明军无不依靠水西，就连二十多年的播州宣抚使杨应龙之乱，如果没有安氏的话，光凭庸碌的黔兵，贵阳早已陷落。
所以，奢安之乱中最难以应付的反而是水西的大土司安邦彦，就连避入水西龙场的奢崇明也是投靠在他麾下，企图借着他的兵力再次反攻川南。这安邦彦本是贵州水西宣慰使同知，趁着他的侄儿水西宣慰使安位年幼，又勾结安位的母亲奢社辉，所以尽掌水西军政要事。
天启二年，当奢崇明围攻成都的时候，安邦彦就率兵发动叛变，攻占贵州西北各处卫所，并将贵阳重重围困达两百日之久，后来在各路明军的援助之下，才解去了贵阳之围，将安邦彦逼回了水西。如今，贵州巡抚王三善正自调动全黔兵马，将安邦彦压制在鸭池河、陆广河以西，总兵鲁钦、张彦芳等将亦屯兵鸭池附近，随时准备直捣大方，对水西安氏发动致命一击。
此时，在永宁城内养了数个月伤的孙越陵已经基本痊愈，内创外伤尽皆复原，更让他感到惊讶的是，他体内的真气也在急速增长，当他重新从紫微斗诀第一重心法开始练起时，明显能感到散落在各处经脉的丝丝劲气正在快速凝聚，而且，从各处经络、元窍之中，还不断生出新的气劲和以前的劲气融合到一起——他体内的劲气，在他重新练习之下，似乎还有所增长，比以前更为强大了。
这一点让孙越陵十分振奋，看来他的武艺也在实战当中得到不断进步，他在武道上的修为经此一役之后，又上升了一个层次。但是，任他如何练习，也始终不能在紫微斗诀上取得突破进展，第六重心法“玄戈”的心法要领虽然知晓，但根本无法将之运行无碍。
这“玄戈”的要领就是要心无挂碍，精神修为与满天星斗融合，不仅手中有枪，心中也要有枪，更为重要的是要人枪合一，才能发挥出最大的威力。本来这一点他自信只要加以练习之下可以做到，可是这“玄戈”的运劲法门却是要杀伐凛冽、吞噬一切，残酷至极，这运劲法门和心法要领完全南辕北辙，让人摸不着头脑，无从入手。
其实，这也不能怪他，毕竟紫微斗诀乃蕴含天地至理的无上绝技，就连厉若冰也是止步于七重之内，无法臻至第九重的最高境界，而且，厉若冰光是练成这第六重、第七重心法，就耗费了十数年的光阴。所以，他孙越陵不能在短时间内将第六重心法领悟融汇，也是情有可原的事情。
孙越陵也知道此事不可强求，欲速则不达，差一点走火入魔被自身功力反噬的事情他绝不会忘。所以，这几个月以来，他除了练习功法之外，就是帮助朱燮元做好收复永宁之后的事情。
明朝收复永宁之后，废永宁宣抚司，设道府治理其地，并在此地设立永宁卫，驻军于此，正式将原属于奢崇明管辖的地区进行改土归流。
这改土归流听起来简单，其实却是一项很复杂、很困难、很麻烦的事，涉及的方方面面太多了，好在朱燮元对此事胸有成竹，孙越陵只要按照他部署去做就行了，正好借此机会学习一些为官理政的要务。
改土归流进行的并不是很顺利，因为很多彝人的寨主、头目们并不情愿交出手中的权利，任由朝廷的官员来对他们的部落进行直接的管理，况且，汉人的很多风俗习惯、传统观念和他们并不相同，要让这些彝人按照汉人的规矩去做，很多彝人都感到不适应。
这些情况，都在朱燮元的强力推行之下，正在有条不紊地开展。但是，随着各项规章制度地一一建立和落实，孙越陵愈发感到迷茫了。
在明朝的各种制度里，根本就没有注重这些彝人的一些风俗和习惯，甚至也没有给予他们任何的权利，只是把他们当成了圈养的人，完全不考虑他们的地位和权利，呼来喝去视如奴仆，甚至有些官员和将领开始圈占彝人土地，垄断集市买卖。
这一切，都让孙越陵感到郁愤，也不止一次向朱燮元反映此事，按照他的脾气，非得将这些人捉拿下狱不可