至于义和团维新变法失败，清廷守旧派重新得势，恰与民间反对洋人和天主教、基督教的暗潮符合，于是义和团乘势而起。义和团代表中国民间和下层社会的一种倾向，这是中国古老社会在西方势力冲击时所产生的反抗力。
原来义和团是八卦教的支派蜕变出来的，是一种迷信的秘密结社，它已有一百多年的酝酿。光绪二十五年（1899年），中国北方干旱，农田枯裂，疫病流行，而洋人和传教士在中国内陆所引起的反感，直接间接都有助于义和团，于是由饥饿和排外汇合而成，义和团公然举起了“扶清灭洋”的大旗，自山东崛起。
义和团的祖师称老团，首领称大师兄、二师兄、三师兄。管事称大先生、二先生、三先生。所供奉的神灵都是取自《封神榜》、《三国演义》和《水浒传》。初起是在山东曹州府，为八卦教的支派，在农村中称“义士党”，专以仇杀洋人和教民为事，使用的兵器只有刀枪，所以又名“大刀会”。其后改名为“义和拳”，所练的拳属于柔术，最有道行的，自称能避枪炮。凡加入义和团的人都红巾扎头，内藏符咒，红兜肚、红腿带、红巾裹两手，手腕内俱有白纸符咒。另一支则一切皆以黄色，有的则是红披挂而戴黑巾名叫黑团。黑团是红黄两色的人都恭敬之，据说是最厉害。教徒们的年龄10岁以上至45岁，均手抱大刀，系以红布，民间争传义和团能避枪炮，火器不能伤身，以刀砍皮肉亦不破不流血。义和团见到洋房都要烧毁，见洋人则呼为大毛子，见天主教、基督教徒则呼为二毛子。
义和团中还有女兵，是18岁以下，12岁以上的闺女，身穿红布衣履，手执红巾和一个小红灯笼，这些女兵统称为“红灯照”。据说念咒用法后使扇子一扇就能升空驾云，像一颗大红星，洋人的大炮遇见了红灯照的扇子就放不出炮来，而扇子一扇可以使轮船在海中****，城楼或洋房烧毁。
义和团除了扶清灭洋的政治口号外，还有一个政治口号是要得一龙二虎的“头”，所谓一龙就是光绪，二虎是******奕劻，大学士李鸿章。当时慈禧所信任的，除了荣禄外就是端郡王载漪。据说荣禄因为不太赞成废黜光绪，因此慈禧对之也小有不满，而荣禄在守旧派中比较还算有新头脑，对义和团扶清灭洋运动，荣禄是不太支持的。慈禧这时所亲信的，是一班昏庸无识的亲王大臣，以及顽固守旧的士大夫。这些人利用慈禧的守旧反洋心理，鼓励义和团这个民间组织膨胀，不到一年时间，义和团便自山东蔓延到河北、山西，甚至进入北京，除了焚烧教堂，杀戮教士、教民而外，还要拆卸铁路路轨和电线。清廷少数反对义和团的大臣和袁昶、许景澄、联元、徐用仪、立山等冒死力谏，均无济于事，这时李鸿章已调两广总督，不在中枢。
义和团的崛起，表示数千年古老中国社会对教会的拒绝，中国士大夫对西洋势力侵入的反抗，清朝王室和西方国家的嫌怨，汇成一股洪流，奔腾澎湃，一发而不可收拾。
光绪廿五年（公元1899年）十月，袁世凯曾率领武卫右军到山东会操。这时山东的义和团运动很热烈，袁世凯和他的新军开赴山东，是荣禄所安排的。原来山东闹义和团已经两年多了，最初以大刀会名义在山东练习拳棒，准备和教士搏杀。光绪廿三年（1897年）李秉衡任山东巡抚时，大刀会在山东特盛，十月间曾杀死德国传教士二人，李秉衡因此被革职。但继任的人则是和李秉衡持同一立场的毓贤，而大刀会这时已自称义和拳，标出“扶清灭洋”的口号，毓贤改“拳”字为“团”字。义和团既得封疆大吏的支持，于是在山东境内大为蔓延，引起了各国的抗议，这年十一月，清廷乃派袁世凯署理山东巡抚。