几年后，轩辕长到九岁，少典去世，轩辕在全族毫无保留的支持下，继任了有熊部落首领。
轩辕终究是天定人王，随着年龄渐渐长大，在教化族民之事上也有了自己的见解。
轩辕发现人畜大小便埋入地中可以促进五谷的生长，比神农放火烧山再种植五谷的办法还好，这样既处理了人畜大小便污染食物而导致的疾病的发生，又减少了众人放火烧山所冒的生命危险。
轩辕按照树木漂浮的原理制造了舟船，用那树麻制成了衣、裤、鞋，使族人不再只穿兽皮，轩辕还发明了舂、釜、瓯等日用器具，使百姓可以蒸饭煮粥等等。
如此，轩辕的名声也是越传越广，成了洪荒有名的贤人，有熊部落附近的许多部落自然也是纷纷归顺。
……
轩辕在仓颉的教导辅助下迅速成长，而神农的道也即将功成。
却说神农感念众生生老病死虽为天意，但如今许多族人却是在青壮之时身染恶症丧命，余下家中没有劳动能力的老人和小孩，生活痛苦不堪。
故而他决定，找到医治这些疾病的法门，于是他便独自到洪荒游历，一路上只要遇见未见过的草木便取一枝下来服用，查看其有无毒性，并将他们一一记录下来。
慢慢的便发现了每一样草木都有其五行属性，相生相克，那些草木的根、干、枝、叶、果功用各不相同，却是皆有妙用。
有些草木与人体内某些性质相似，此种却是可以用来入药治病或者调理身体，有些草木与人体内某些性质刚好相反，此种却是毒药。
如此，数十年过去，神农遍尝百草，正准备返回部落时，又在一座岩石下找到了一种从未见过的黄花小草。
将之吃下去后，却是浑身冒着冷汗，肚子如刀绞般的疼痛，肠子好象断裂一般，连精修多年的浩然正气都无法驱除此草之毒，眼看就快要不行了。
也是他命不该绝，此时刚好是孔宣等人前往首阳山探望鲲鹏红云之时，遇到了误食剧毒的神农，镇元子一道甲木精气下去，化解了神农所中之毒。
当下神农满头大汗的起身谢过，互通名号后，听说几人是儒教圣人的师兄弟，顿时恭敬有加，与四人一道返回了首阳山。
神农将这种差点要了自己性命的小草取名为断肠草，这也是他尝过的最后一种草了。
回到部落，拜见过儒教圣人以后，神农便按照自己几十年来对百草的尝试理解，写下了《神农本草经》。
《神农本草经》阐述了草木的毒、理、疗三品分类及其入药性能意义，药物方剂中的君、臣、佐、使、引地位和作用。
还有药物的阴阳配合，寒、热、温、平四气，辛、甘、酸、苦、咸五味，以及药物的采造，药物使用的煎、煮、熬三法、药物与病症的关系。
《神农本草经》乃是第一本关于药物与病理的系统书籍，开创了人类医学的先河。
《神农本草经》问世后，神农只觉心神之中一片空灵，心想自己大道将成，于是一边教导众人医药之术，一边着人去洪荒寻找贤人来接替人王之位，自己好早日功德圆满。
却是有属下汇报，轩辕丘有熊部落有一贤人名公孙轩辕，乃是儒教门下红云圣人座下弟子高徒，是洪荒有名的贤人。
神农立刻想起了数十年前圣贤宫中所议之事，哪里还不明白，这公孙轩辕便是那下一任人王，立刻便派人去请。
轩辕久仰神农大名，自是欢欣鼓舞，当下与老师仓颉一同前往首阳山面见神农。