皇上感到如果按照二审的结论结案，尤其是只处置清名在外的张伯行，而放任胡作非为的噶礼，实在难以向江南民众交代，于是下诏斥责张鹏翩等人“掩饰和解，瞻询定议”，下令撤换张鹏翩、赫寿，而改派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢前往江南，令其务必严加审明。
到了这个时候，前往江南的钦差要调查的重点已经不是科场案，而是督抚互参案。皇上的本意，只要保全张伯行，大致处罚一下噶礼，令江南人心稳定下来就了事了。
然而，穆和伦、张廷枢却没有弄清“圣意”，也不愿意得罪噶礼和两位前任钦差。二人一到江南，不但不立即问案，还立即派人前去找张伯行说和，以噶礼“党众”为由，劝他向噶礼低头。但张伯行却依旧坚持己见，给了两位新钦差一个大钉子。
两位新钦差商量来商量去，最终决定大做表面文章—连十几天，轮流提审科场案的人犯，煞是热闹，大有要明察秋毫、伸张正义之意。
这样的姿态自然是和皇上的意图相违背的，皇上虽然没有立马撤换这两人，但还是让人又在暗中调查此事，结果竟然发现了其中有太子胤礽的痕迹。此时皇上对太子胤礽那是本能防备，想到自己在警告过他后，胤礽仍然在自己不知道的时候，将插手了这事，这让皇上毛骨悚然起来。
再加上太子胤礽复立后，搞出来的那些事情，比如户部尚书沈天生等串通户部员外郎伊尔赛等包揽湖滩河朔事例额外多索银两一案，皇帝与储君之间的矛盾，终于又发展到不可调和的地步。
皇上决定再废皇太子，在九月三十日，皇上巡视塞外回京当天，即向诸人宣布：“皇太子胤礽自从复立以来，以前的狂妄还未消除，以至于大失人心，祖宗的基业断不可托付给他。朕已经奏报给了皇太后，现在要将胤礽拘执看守。”十一月十六日，康熙帝将废皇太子事遣官告祭天地、太庙、社稷。
太子胤礽再一次的被废，这不单对朝廷大臣影响深远，也影响到了穆和伦和张廷枢查案的态度，因此结果一出来，还是叫人大失所望。
康熙五十一年十月初五，科场案案发一年后，穆和伦、张廷枢将三审结论奏上:主考左必蕃纵容舞弊，革职查办;副主考赵晋，同考官王曰俞、方名因受贿判斩立决;程光奎、吴泌等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责;两江总督噶礼卖举无迹，但审案不力，该受切责;江苏巡抚张伯行捕风捉影，诬勃朝廷重臣，当革职论处;噶礼参张伯行各款“俱实”，免议。
这一次的结果可谓煞费苦心，表面做足了文章，公开处置赵晋、王日俞、方名等一干查有实据的考官、举子，为江南士子出了一口气。看起来，似乎比前任钦差要厉害得多，但在互参案上，一如他们的前任张鹏翩所奏，称噶礼与舞弊案无关，张伯行所参噶礼各款“皆虚”。
已经被免职的张伯行倒是依旧无所畏惧，又上了一道奏折，说:“科场舞弊只惩从犯，不惩首恶，难抚江南人心。朝廷王法不治枉法封疆大吏，此风若长，大清朝刑律将名存实亡。我张伯行革职事小，朝廷安危事大，请陛下再派贤臣重新审理。”
皇上看了三审的结论和张伯行的奏章后很是感叹，说，“张伯行居官清正，天下之人无不尽知，允称廉吏，但才不如守，果系无能。噶礼虽才具有余，办事敏练，而性喜多事，并未闻有清正之名。伊等互参之案，皆起于私隙，听信人言所致，诚为可耻。”
但他也知道科场案到了这个时候，已经完全变成了满汉大臣之争，即使再追究，也不会有什么结果，所以没有应张伯行的要求再派钦差审理，只是下令九卿、詹事、科道就穆和伦等所审的结果进行讨论，这就是所谓的四审。
四审之前，皇上特意召见相关官员，说:“伯行居官清廉，噶礼操守联不能信。若无伯行，则江南必受其削几半矣。此互参一案，初遣官往审，为噶礼所制，致不能得其清;再遣官往审，与前无异。尔等能体联保全清官之意，使正人无所疑惧，则海宇升平矣。”
然而，议奏的结果是:噶礼、张伯行二人不思和衷协恭，互相汗参，有失大臣体统，都应撤职。最后还是皇上下旨:噶礼著革职，免于严查深究，由潜运总督赫寿接任两江总督；张伯行著革职，但留任江苏巡抚。这样，这桩轰动一时的江南科场案最终以互参案了结。
而本已经被从轻处理的噶礼并没有就此安分守己，他恼怒母亲曾经在皇上面前替张伯行说话，与弟弟色勒奇、儿子干都勾结，暗中在母亲的食物中下毒，想害死母亲。东窗事发后，被怒其不争的皇上赐令上吊自尽，色勒奇、干都也被斩首。
又传说噶礼自尽时向监绞官行贿，因此还没有气绝就被放下来装人了棺材。噶礼躺在棺材里等了半天，也不知道时日，实在不耐烦了，便开口问道:“我可以出来了吧?”谁知道监绞官还没有走，棺材周围还有一些人，看到噶礼突然坐起来，无不骇然。监纹官生怕受贿事泄，于是上前一斧将噶礼劈倒，连同棺材一起烧了。
康熙五十二年正月二十六日，江南科场案中最后处置结果下达。相关人物安徽巡抚叶九思已经病故;副主考赵晋，同考