这一招偷换概念之术立时就将皇帝逼入了进退两难之地。
就在这时，阮大铖上了一篇《孤忠被陷之由疏》为自己进行了自辩，发泄多年来压抑在心中的委屈和怨恨。
疏中声称，他与“阉党”没有任何瓜葛，不仅拒绝了魏忠贤的任命，而且私下劝阻其他人追随魏忠贤，把他打为“阉党”是毫无道理的。是某些人的恶毒诽谤和攻击。
他在奏疏中还声称，曾经那些攻击他是小人的某些人此刻已经投降了逆贼，成了伪朝的伪官。
奏疏中言辞切切的举了几个例子，讲到科臣光时亨，为了留住烈皇，将其作为迎贼时的晋见之礼，竟以大义相激，力阻烈皇南迁之议。
讲到了大才子龚鼎孳，说其降贼后每语人以“我本要死，小妾不肯”为辞。
还说到了庶吉士周钟，说他大逆不道，劝进未已，竟上书劝闯贼早定江南，寄书其子，称闯贼为新主，盛夸其英武仁明及恩遇之隆，以摇惑东南亲友。
在奏疏的最后，他大声质问：究竟谁是真正的忠臣？是他还是那些攻击他的“贰臣”？
阮大铖的控诉，句句见血，直如利刃在南都的东林和复社子弟们心头划过，北都陷落时变节的君子，也确实给天下的读书人丢尽了脸面。龚鼎孳，光时亨向为君子中的翘楚，身为东林复社子弟，他们的变节更是给了众人一记响亮的耳光，阮大铖用这个来反驳东林的污蔑，直让他们哑口无言。
奏疏内容公诸于天下之后，朱由桦顺势将阮大铖和阉党的关系剥离了开来，表示不会推翻逆案，同时也表示阮大铖是受冤枉被牵连进去的，启用他只是不忍良才溟没，和逆案无关。
阮大铖原本与东林党左光斗等人交好，但他并不是一个铁杆东林党，曾经在人事上阮大铖与东林一哥魏大中发生了冲突，东林党经过权衡，作出了维护魏大中牺牲阮大铖的决定，阮大铖一怒之下，向朝廷揭发了东林党结党营私，专搞阴谋诡计的黑暗内幕。
其时魏忠贤对东林党人的小动作己有察觉，正准备找机会下家伙，阮大铖的奏疏使他如获至宝，于是他抓捕了东林党内的阴谋家汪文言，准备顺藤摸瓜。但因东林党集体申救，魏忠贤这才怏怏罢手。
东林党因此对阮大铖恨之入骨，把他视为“阉党”，这可真的冤枉了阮大铖，当时东林党人汪文言、魏大中等人的确在暗中操纵人事，阮大铖对他们的弹劾并非毫无道理。
阮大铖上疏揭发东林之后，为了避免报复，他辞职回家。后来东林党人对魏忠贤开战招来了灭顶之灾，魏忠贤清理东林的同时起用阮大铖为太常少卿，但是阮大铖并没有落井下石，也没有傍大腕，只干了两个多月又再次隐归，与魏忠贤脱离关系。
正因为他和魏忠贤保持了适当的距离，当崇祯诛杀魏忠贤，并上纲上限大肆牵连的时候，他虽然也被贴上阉党的标签并进入大名单，但是被判得很轻，仅被“论赎徒为民”。
严格意义上说，阮大铖确实算是被冤枉的，朱由桦的批复也是理直气壮的。
皇帝的批复让大部分朝臣的心重新安定了下来，没在跟着死硬派们起哄，成功化解了左光先发起的攻势。
虽然还有一些科道言官们依然喋喋不休，但是皇帝坚持不肯罢免阮大铖他们除了辞职也没办法。
在这次事件中，左都御史刘宗周是带头要求罢免阮大铖的言官，朱由桦没想到之前一直以公正无私，卓尔不群面目示人的他，最终竟然还是倒向了东林党的怀抱，为东林党的利益服务。让他十分痛惜。
刘宗周字起东，别号念台，浙江山阴（今绍兴）人。万历二十九年进士。为人清廉正直，操守甚严，在朝中常常敢于抗疏直言，且虽屡遭贬谪，然终不改其志。又因不做官时常讲学于山阴蕺山，所以后人尊称他为蕺山先生。
晚明时代，公认的儒学宗师只有两人，一个是心学的开创者王阳明，而另一个则是他，刘宗周。
刘宗周除了精通儒学外，向以直言敢谏闻名。
天启元年，刚刚被起复任命为礼部主事的刘宗周就干了件大事，上疏劾奏魏忠贤，并把魏忠贤与历史上著名的跋扈太监赵高作类比，狠狠的得罪了魏忠贤。
三年后，为了声援遭到阉党迫害的杨涟、左光斗等人，刘宗周又再次顶风弹劾魏忠贤，直言魏太监窃弄权柄，祸国殃民应予严惩。因此被天启严惩，革职为民，逐出都门。
崇祯年间刘宗周再次出山担任工部左侍郎，任职期间仍然保持本色，天天上疏提意见，所以即便是爱较真的崇祯也不得不承认刘宗周“清正敢言，廷臣莫能及”。
北京沦陷，皇帝殉国后，被罢职在浙江老家的刘宗周听到这个噩耗后，他毫不犹豫地选择忠于大明，并第一时间投入到挽救朝廷危亡的行动中，刘宗周一个人扛着长矛走到杭州，要求杭州巡抚黄鸣骏为崇祯发丧并起兵讨贼，黄鸣骏虽然勉强同意发丧，但是对于起兵一事逡巡不前，刘宗周又和前侍郎朱大典，前给事中章正宸等人召募义旅，谋划北上。
就在这时，福藩在南京继位登基，继承大明法统了。
章武政权组建后，重新启用了刘宗周，刘宗周不改忠直本性，自任都察院左督御史以来，大到朝廷国策大政，小到皇帝日常生活，刘宗周都喜欢插一杠子。
而对于这位名望甚高，历仕三朝的老臣。朱由桦也是十分给