通过“根”部的五项测试后，宇智波祭正式加入了“根”部。
进入“根”部的第一个月，宇智波祭每天都在接受“根”部安排的的诸多训练。
思想训练、体术训练、忍术训练、幻术训练……
每一天艰苦的训练，都会令宇智波祭在半夜回到家后感觉浑身的酸痛和疲惫。
而自来也，这个曾经的老师，并没有像宇智波祭想象的那样放弃自己。相反，每天半夜，自来也都会在房门前留一盏灯，打开家门后，扑面而来的，是餐桌上饭菜的喷香。
由于白天都会待在“根”部基地，一个月来宇智波祭根本没有机会见到白天的阳光。而自来也，在宇智波祭回家后，不是外出执行任务，便是卧躺在床上，早已睡下。
而宇智波祭年满十六岁后，便搬离了自来也的房屋，独自居住在一栋简易的公寓内。当然，这就是后话了。
度过了漫长的一个月后，宇智波祭终于赢来了自己的第一个任务。
此后，除了在“根”部基地接受训练，宇智波祭便一直在世界各地执行着各种各样的绝密任务。
刺杀、绑架、偷取情报……
这期间，宇智波祭经历了无数死战。
凭借柱间细胞发挥出的强大的生命力，每一次死战，宇智波祭都化险为夷。
就这样，“根”部的功名册中，一个编号为03406的人的数据不断更新着：
s级任务：107次