2013年7月和2014年4月的调查结果表明，泸沽湖水陆交错带大型水生植物较为丰富，共计39种，隶属24科，其中包括蕨类植物2种，占总种类的5.3；单子叶植物29种，占74.4；双子叶植物7种，占18.9；以及轮藻类植物「包括轮藻和丽藻」。按照水生植物的生活型，挺水植物为13种，占33.3，分属于禾本科、莎草科等7科；漂浮植物为2种，占5.1，分属于浮萍科和满江红科；浮叶植物6种，占15.4，分属于龙胆科、眼子菜科等6科；沉水植物18种，占46.2，分属于轮藻科、眼子菜科、茨藻科和水鳖科等9科。[14]
泸沽湖大型水生植物沿湖岸带呈环带状分布，面积约为824.47公顷，占湖泊总面积的14.7，若去除草海部分，大型水生植物分布面积约为263.26公顷，占湖泊总面积的4.7。从三大类植物群落类型来看，沉水植物分布面积占96.1，浮叶和漂浮植物分布面积占2.7，挺水植物分布面积占1.2。[14]
动物
泸沽湖水圈属半封闭生态环境，动物种类多样。泸沽湖保护区鱼类组成为3目4科12种，4种是泸沽湖的原生种：厚唇裂腹鱼、宁蒗裂腹鱼、泸沽湖裂腹鱼、泥鳅，特有种3种：厚唇裂腹鱼、宁蒗裂腹鱼、小口裂腹鱼，其他8种为次生的鲤鱼、草鱼、麦穗鱼、银鱼、鲫鱼等[19]。关于泸沽湖鱼类问题，就裂腹鱼而言，过去尚有“白条子”、“白砸嘴’’、“厚大嘴巴鱼”、“薄大嘴巴鱼”、“蛇鱼’’、“青鱼”、“吃草细鳞鱼”等六、七个品种，据描述在食性、水域、体型、肤色、个体重量等方面均有差别。[9]3种裂腹鱼经济价值较高[20]，但年产量急剧下降，20世纪50年代年捕捞量为300吨，80年代下降到30吨，90年代降至2吨左右[21]。泸沽湖鱼类组成情况是：泸沽湖鱼类有15种，隶属5目6科，2004年泸沽湖鱼类外来物种为8种，到2014年泸沽湖鱼类外来物种增加到11种。由于11个鱼类外来物种逐步进入了泸沽湖，湖中鱼类区系已由外来物种控制，3种特有的裂腹鱼种濒临商业灭绝。综观泸沽湖鱼类区系的特点是：种类贫乏，个体较小，生长稍慢，这也是云贵高原湖泊的共同特点。泸沽湖流域自然环境适宜，水量充沛、水质极好、发展渔业有一定的有利条件。泸沽湖鱼类区系的特点具有种类贫乏，个体较小，生长稍慢的特点。正是这些特点，决定了湖泊渔产的低下性能，基本上泸沽湖年鱼产量都在百吨左右。泸沽湖鱼类饵料生物组成及生物量也决定了渔产量不高，通过泸沽湖主要鱼类生物学的分析表明，低产原因除了鱼类本身固有的属性外，还有鱼类饵料生物的种类和数量及其再生产的能力不相适应的因素。[6]
水系构成编辑
上游水系
泸沽湖入湖河流共18条「云南部分11条，四川部分7条」，其中常流河共9条「云南部分5条，四川部分4条」，分别为大渔坝河、乌马河、幽谷河、王家湾河、蒗放河、凹垮河、蒙垮河、大嘴河、八大队河。流入湖的山泉主要有三家村附近山溪、小鱼坝山溪、洛水行政村附近大鱼坝山溪等。泸沽湖，流入湖的山泉主要有三家村附近山溪、小鱼坝山溪、洛水行政村附近大鱼坝山溪等。除上述泉水外，湖水主要靠雨水补给。泸沽湖流域的降水量略高于该湖流域的外围地区，多年平均降水量约为1000毫米。其中全年降水量的89集中在6～10五个月。由于泸沽湖的集水面积不大，故入湖河道都十分短小，较大的有由东岸汇入的山垮河和南岸汇入的三家村河。临时性的沟溪汇水和区间坡面漫流是湖水补给的一种主要形式。[9][6]
湖水补给除雨量和四川泉水外，主要在于泸沽湖自身的地下水。泸源崖就是泸沽湖地下水的出水口所在地。[22]
泸沽湖湖水的出口在东岸，每年6～10月份，湖水经东侧的大草海注入前所河，再注入盖祖河「下游称永宁河」，再注入卧龙河「又名卧落河、盐源河」，入流理塘河，最后排入长江上游干流段金沙江的支流雅砻江。[9]
泸沽湖为海陆水循环，属长江上游的金沙江水系，路径是：降水「地表和地下径流」≥泸沽湖≥湖水出口「位于湖泊东南面的草海」≥盖祖河≥雅砻江≥金沙江≥长江≥东海「太平洋」。泸沽湖的丰水期集中在每年的6至10月，只有丰水期湖水才会由地表河道将水排出湖外，其他时间排水河道流量很小甚至无流量。除地表江河出水外，泸沽湖的溶蚀断层构造，也会导致湖水从湖盆内壁的溶洞向外流出。
卧龙河，又名卧落河、盐源河，为理塘河的最大支流，发源于盐源县卫城镇东后龙山，由东向西穿过盐源盆地，折北流至木里县麦地，入理塘河，河长167公里，流域面积8482平方公里，约占理塘河流域面积的44，落差1632米，干流水能理论蕴藏量39万千瓦，可能开发容量30万千瓦，流域内多山，河道呈半圆形弯曲，支流发育，主要支流有前所河、宁蒗河等。[23]
理塘河，一名无量河，又有勒曲、木里河之称。该河发源于理塘县沙鲁里山系夏塞雪山垭口「海拔5838米」，自西北向东南流经小、大毛垭坝，过理塘县以后河道作“s”型弯曲，经濯桑至木拉西转向东南流进入高山峡谷，经木里县又急转东南，右