真宗病危时，惟一不放心的就是自己年幼的儿子，生怕皇位落入他人之手。他最后一次在寝殿召见了大臣们，宰相丁谓代表文武百官在真宗面前信誓旦旦地作出承诺，皇太子聪明睿智，已经作好了继承大统的准备，臣等定会尽力辅佐。更何况有皇后居中裁决军国大事，天下太平，四方归服。臣等若敢有异议，便是危害江山社稷，罪当万死。这实际上是向真宗保证将全力辅佐新皇帝，决不容许有废立之心。真宗当时已经不能说话，只是点头微笑，表示满意。事实上，真宗晚年，刘皇后的权势越来越大，基本上控制了朝政，再加上宰相丁谓等人的附和，因而真宗的担心并非毫无道理。真宗留下遗诏，要“皇太后权同处分军国事”，相当于让刘后掌握了最高权力。
这样，仁宗就在养母的权力阴影下一天天长大。刘太后在世时，他一直不知先皇嫔妃中的李顺容就是自己的亲生母亲。这大概与刘太后有直接关系，毕竟她在后宫及朝廷内外都能一手遮天。在这种情况下，恐怕不会有人冒着生命危险告诉仁宗身世秘密的。明道二年，刘太后病逝，仁宗刚刚亲政，这个秘密也就逐渐公开了。至于是谁最早告诉仁宗实情的，已很难弄清楚，凡是那些与刘太后不和的人均有可能向仁宗说明真相，但可能性最大的当是“八千岁”皇叔赵元俨和杨太妃。赵元俨自真宗死后，过了10余年的隐居生活，闭门谢客，不理朝政，在仁宗亲政之际，赵元俨突然复出，告以真相，应该是情理之中。杨太妃自仁宗幼年时期便一直照料其饮食起居，仁宗对她也极有感情，在宫中称刘后为大娘娘，呼杨太妃则为小娘娘，杨太妃在那样的政治环境中说出实情也是极有可能的。无论如何，仁宗了解了自己的身世。
蒙受了20年的欺骗，生母也在明道元年不明不白地死去，当仁宗知道自己的身世后，其震惊无异于天崩地陷。他抑制不住内心的悲伤，一面亲自乘坐牛车赶赴安放李妃灵柩的洪福院，一面派兵包围了刘后的住宅，以便查清事实真相后作出处理。此时的仁宗不仅得知了自己的身世，而且听说自己的亲生母亲竟死于非命，他一定要打开棺木查验真相。当棺木打开，只见以水银浸泡、尸身不坏的李妃安详地躺在棺木中，容貌如生，服饰华丽，仁宗这才叹道：“人言岂能信？”随即下令遣散了包围刘宅的兵士，并在刘太后遗像前焚香，道：“自今大娘娘平生分明矣。”言外之意就是刘太后是清白无辜的，她并没有谋害自己的母亲。
李氏是在临死时才被封为宸妃的，刘太后在李妃死后，最初是想秘而不宣，准备以一般宫人礼仪举办丧事。但宰相吕夷简力劝大权在握的刘太后，要想保全刘氏一门，就必须厚葬李妃，刘后这才意识到问题的严重性，决定以高规格为李宸妃发丧。生母虽然厚葬，但却未能冲淡仁宗对李氏的无限愧疚，他一定要让自己的母亲享受到生前未曾得到的名分。经过朝廷上下一番激烈争论，最终，将真宗的第一位皇后郭氏列于太庙之中，而另建一座奉慈庙分别供奉刘氏、李氏的牌位。刘氏被追谥为庄献明肃皇太后，李氏被追谥为庄懿皇太后。
心里变态的萧耨斤最终不顾亲生儿子的劝阻，私自下令把萧菩萨哥迁到上京囚禁，最后甚至派出了刺客去刺杀萧菩萨哥。
萧菩萨哥看到刺客以后，并没有太过惊讶，她早就知道萧耨斤不会那么轻易放过自己，所以早就做好了随时赴死的准备。她看着刺客，平静地说：“我的清白，天下人都很清楚。所以，你稍等一会儿，让我沐浴更衣，死也死得清清白白。可以吗？”
刺客听了萧菩萨哥的话，心生怜悯，于是暂时退了出去，等他再回来的时候，萧菩萨哥已经沐浴更衣自缢身亡了。萧耨斤觉得还不解气，又命人按照庶人的礼仪，把萧菩萨哥的尸体葬在荒山野岭里。
萧耨斤摄政以后，内心深处的黑暗因子完全被激发了出来，不但大肆扑杀朝廷大臣，疯狂提拔、重用亲信，连自己的亲生儿子耶律宗真也没放过。她不仅派人密切监视耶律宗真，而且一旦心血来潮，就肆无忌惮地打压耶律宗真。
萧孝穆是萧耨斤的哥哥，耶律宗真的亲舅舅，而且他的女儿萧挞里是耶律宗真的妃子，还生了皇子耶律洪基，也就是未来的道宗皇帝，可以说他是萧氏家族中与耶律宗真关系最密切的人。
最重要的是，他从开始做官，到后来加封东平王、赐佐国功臣、调任东京留守，能够一路平步青云，成为契丹重臣，靠的完完全全是自己的能力，所以十分看不惯萧耨斤的做法。萧耨斤摄政以后，多次赏赐财物给萧孝穆，想跟哥哥拉拉关系，萧孝穆也毫不领情，全部原封不动地退了回去。
耶律宗真知道，对于这样一个人品端正、办事公道、懂事理、识大体、顾全局的人来说，唯一能够打动他的就是政治上的利益。所以，耶律宗真效仿爷爷耶律贤，跟萧孝穆做了一笔“政治交易”：萧孝穆支持耶律宗真夺