4月30日，英军按照既定计划在曼德勒签署了总撤退命令，亚历山大完成了奉丘吉尔之命，利用中国远征军掩护英军撤退的任务。
分手前去见史迪威，亚历山大笑眯眯地说：“史迪威阁下，在缅甸我们合作得很好。我期待着再次合作。”
史迪威瞪了他一眼，说：“这样的合作，难道一次还少吗？”
次日，亚历山大带领大批英军，从预先准备好的公路撤向印度。
史迪威也只好带着百余名随从，沿着山间小道向印度败走。中国远征军数万精兵陷入缅北丛林，音讯全无生死不明。蒋介石万分焦虑，每天让军委会滇缅参谋团用无线电联系数次未果。
直到6月，才接到美军驻华代表团团长马格鲁德转来史迪威的电报，大意是：史迪威一行百余人，正在徒步向印度前进。中国远征军也撤向印度。现在部队化整为零，由小单位统率，毋须以命令指挥。
蒋介石看完电报怒火烧心：“史迪威身为参谋长，打了败仗只身逃跑，该当何罪？通天大事，你竟不向我请示，却向马格鲁德报告，眼里还有我吗？”
想到这里，蒋介石提笔写道：“史迪威脱离中**队，擅赴印度，只来此电文作为通报，不知军纪何在？”
缅甸作战失败，使蒋介石与史迪威之间本来就不融洽的关系陷入危机。蒋总司令说缅甸之战全败于史迪威不听号令，史迪威则说缅甸之战打不赢全因蒋介石乱加干涉。
另有三件事更使两人矛盾加剧。第一，蒋介石朝思暮想要美国提供500架飞机，几次要求史迪威向美国国会提出申请，史迪威断然拒绝。第二，美国根据租借法协定援华十余架大型运输机，宋美龄想从中调两架归航空委员会管辖，也遭到史迪威拒绝。第三，美国将支援中国战场的第10航空队b29远程轰炸机调往北非，史迪威预先知道此事，既不报告又不阻止。
几件事加在一起，使蒋介石对史迪威十分怒恨。他给宋子文写信说：“史迪威是你从罗斯福那里请来的，还由你给罗斯福退回去。我不要这个参谋长。”甚至扬言，日本人曾对他有很好的建议，如果美国舍不得飞机，他将另想办法。
从6月底至7月中旬，蒋介石拒绝史迪威的多次求见，对史迪威的报告也置之不理。
蒋介石与史迪威关系僵化了。