因此，亨利希八世本人最终于1546年创办了一所学院，将两座较老的学院合并成一座规模更大、超过了迄今所有学院的新学院——三一学院，这不仅仅是贵族自由的标志。
至今它仍是剑桥唯一的一所不由院士选举、而由王室根据首相的提议任命院长的学院。
1614年詹姆斯一世留宿三一学院时，整个学院里禁止吸烟，因为众所周知，这位国王厌恶吸烟。为了供他消遣，教师们安排了一场哲学戏，一场有关“狗们是否进行三段论”问题的辩论表演。
最后得出结论，狗不能思维。
那位君主听后说，他的狗是例外。
教师们钻牛角尖地高声附和。
毫无疑问，剑桥是一个精神活跃的地方，充满神学和政治的辩论，获益匪浅的不光是年轻的弥尔顿。
在悉尼?苏塞克斯学院，学生奥利弗?克伦威尔接触到了加尔文教的思想，1640年他以一票的优势代表剑桥被选进了议会――“那唯一的一票既毁了教会也毁了王国。”圣约翰学院的院士、诗人约翰?克利夫兰议论道。
1643年克伦威尔返回来，将学院变成了军营，将剑桥变成了东英吉利议会运动的司令部。
大多数院长丢掉了他们的官职，有一半院士，共200多人，被解雇了。
在君主制复辟之后，统一行为又恢复了英国的旧规定。
王室的宠儿被指派来担任大学校长。在此期间，能够以笛卡尔的坚定不移进行研究和教学的不光是剑桥的柏拉图主义者们，一个自由宗教哲学组织：“道理是主的烛光。”信仰寻找理性的理由，理性发现了一种新的宗教——自然科学。
伦敦皇家俱乐部（1660年）成立后设立了数学、化学和天文学的教授席位，艾萨克?牛顿这颗明星在剑桥上空闪耀。
18世纪，王室和议会进一步听任大学自主管理。教师和学生们干他们最想干的事：学习、享乐。
1800年左右，剑桥（和牛津）的名声受到损害。
另外两所大学超过了它们，尤其是在自然科学方面：苏格兰的爱丁堡大学和德国的哥廷根大学，那是乔治二世创办的大学，不久就成了汉诺威人最著名的大学。
另外，在英格兰也首次出现了竞争对手，德勒姆大学（1832年）和伦敦大学（1836年），“牛剑”失去了它的垄断地位。
同时大学生的人数却在上升。
发达起来的资产阶级的中等阶层需要新的培养场所。
在维多利亚王朝这一越来越工业化和商业化的社会里，剑桥也感觉到必须帮忙，应该改革了。一位科堡-高塔王子、维多利亚女王的丈夫阿尔伯特推动了这次改革。
1847年，剑桥大学以微弱的多数将这位不受欢迎的德国人选为校长。
1871年，又一项法律结束了对不信奉英国国教者的歧视。1861年，人们注意到了第一位已婚教师，这显示剑桥大学在渐渐地脱离中世纪。
1860年前这所大学正式取消了禁止院士结婚的规定。
由于各学院有权自主决定此事，直到1880年之后，院士们的结婚愿望才取得了成功。
这给剑桥带来了一场建筑和婴儿的小小兴旺。
1870年，当时的大学校长，威廉?卡文迪什，德文郡的第七代公爵，资助了一个实验物理学教授席位和一所实验室，两者都是以他的一位祖先、物理学家亨利?卡文迪什的姓氏命名的。
那是自然科学辉煌发展的开始。
19世纪剑桥人口增加了四倍，居民人数将近五万。永远年轻、迷人的鲁珀特?布鲁克的精神，美人和智者围聚在他周围，一个撑船比赛、五朔节集会和布鲁莱利口酒的世界。
两场大战之间的剑桥是一个快乐优雅和知识论争的地方，代表人物有伯特兰?罗素、梅纳德?凯恩斯、路德维希?维特根斯坦。哲学、经济和自然科学发达，学生戏剧和道德科学俱乐部赫勒蒂克斯或所有俱乐部中最高档的使徒俱乐部等辩论协会也很兴旺。
希特勒的上台让这些争论变成了血淋淋的现实。
弗吉尼亚?沃尔夫的侄子朱利安?贝尔及其朋友约翰?康福德就属于在西班牙内战中阵亡的年轻的剑桥里装着《资本论》。
1933年后，很多大学生和教师觉得马克思主义是唯一值得钦佩的选择。
国王学院的院士、历史学家埃里克?霍布斯鲍姆甚至直到1990年都还是共产党员。大学援助委员会是个于1933年开始工作的援助组织，当时，在它的帮助下，首先是流亡的自然科学家在剑桥找到了避难所，其中有维也纳化学家马克斯?佩鲁茨，他于1947年建立了享誉全球的分子生物学实验室。
因为他的毕生事业，对血红蛋白的研究，佩鲁茨于1962年和他的同事约翰?肯德鲁一起荣获诺贝尔奖。今天剑桥大学共有31所独立自治学院，约一万九千名学生。
新建的学院里有些是纯粹的研究生院：达尔文学院、沃尔夫森学院、克莱尔学堂。这一发展始于1934年新建的大学图书馆，到20世纪末就在城西出现了一个新校园。
2009年，剑桥大学举行了隆重的校庆，纪念建校800周年。
2015年，剑桥大学受邀参加中国国际教育展。
办学条件机构设置组织架构剑桥大学实际上只是一个组织松散的学院联合体，各学院高度自治，但是都遵守统一的剑桥大学章程，该章程