第二日一早，只见李景隆的营盘上，遍地的车骑辎重，朱棣将其尽归己有。随后，朱棣率军立即回师，解北平之围。
可怜那些正在攻打北平城的朝廷军兵将，竟不知自己的主帅李景隆已率郑村坝的朝廷军逃跑，仍在寒风瑟瑟中攻打着北平。朱高炽依旧亲自登城据守，双方激战正酣，在郑村坝大获全胜的朱棣率大军回师北平，李崇在城墙上看见燕军的旗帜，高声呼喊：“世子快看，殿下带兵回师了。”筋疲力尽的朱高炽见自己的父王率领盖地而来的军队在朝廷军后方发动突袭，顿时露出万分欣喜之情，大声喊道：“传令下去，城中兵士冲将出去，与父王前后夹击朝廷军。”在北平城守军与朱棣军队的夹击下，攻打北平的朝廷军队就此瓦解。
李景隆战败的消息传至南京，可朱允炆并未惩罚他，反而封李景隆为太师，授其金印。徐妙锦得知后，赶忙去奉天殿面圣，“陛下，曹国公不思报皇恩，燕军压惊，身为主帅，他不顾正在攻打北平的兵士，丢盔弃甲，拔营而逃，陛下不罚反而重赏，恐怕难服众。”朱允炆却不以为然，“曹国公是朕的表兄，与朕一同长大，他对朕一定是衷心的。胜败乃兵家常事，他战败而归，朕赏他是想告知天下朕灭燕的决心，只要是伐燕之人，战败犹赏，朕就不信平不了燕乱。”妙锦的语气中带出几分焦急：“陛下，用兵之道，不是如此啊。”“好了妙锦，朕自有主张。如今北地天寒地冻，不宜用兵，朕已赏了此次伐燕的所有兵士。待明年天暖，朕再调集军队，派曹国公再次伐燕。”妙锦疾步走到允炆身前，“陛下三思，恐怕曹国公他不堪此任。”朱允炆笑笑说道：“不能因这一次作战失利便说曹国公不堪大任。朕意已决。”妙锦紧皱双眉，沉思了半晌，开口说道：“既然如此，请陛下准妙锦的长兄魏国公带领一路兵马，为大军殿后，若有不测，待大军撤退之时，也好保存主力。”朱允炆连连点头，“妙锦所言极是，有魏国公殿后便可万无一失了。”
建文二年四月，朱允炆又调集了六十万军队，仍任命李景隆为大将军率这六十万大军进驻白沟河，并任瞿能为都督，北上讨伐朱棣。朱棣闻讯，则带领张玉、朱能等率军三十万迎战。朝廷军伏击在白沟河畔，朱棣率燕军循河而进，果然被朝廷军伏击，燕军损失极其惨重，狼狈不堪的朱棣仅剩三骑跟随，纵马而逃，谁知却迷失了道路，无奈之下，朱棣只能跨下战马，伏在地上视看河流方向，方才辨出东西，找到了自己的军营。
第二天，朱棣整顿军马，双方重新列阵，朱棣亲率万人迎敌，谁知瞿能父子三人率军向燕阵奋勇拼杀而来，正在朱棣在瞿能军中左冲右杀之时，李景隆又率三万兵士从燕军后面冲杀而来。前有瞿能父子，后有李景隆，此时的朱棣腹背受敌，朱棣用尽浑身力气，奋力砍杀，交战场面异常激烈，连朱棣的战马都一再被朝廷军士砍杀，勇猛过人的朱棣便急忙换马再战，如此居然接连换了三匹战马。朱棣不断拉弓射杀敌军，当箭矢用尽之时，朱棣拔出佩剑依然左右挥剑砍杀，可尽管如此，腹背受敌的朱棣依然且战且退。拼杀了半日的朱棣筋疲力竭，瞿能父子见朱棣几乎没了力气，又无旁人支援，便冲将上去，朱棣独力难支，只见瞿能一剑砍过来，全然没了力气的朱棣闭上双目，心中暗想：“想不到本王今日命葬此处。”朱棣只听得嘡啷一声响，惊慌之中赶忙睁眼看去，原来朱高煦用剑挡开了瞿能的剑，朱棣见自己的儿子前来救援，大喜过望，只听朱高煦大喊着：“父王快走。”朱高煦奋勇拼杀，终于在乱军当中救出了朱棣。得以喘息的朱棣见敌军不断冲杀上来，灵机一动，调转马头，直奔到河堤的最高处，朱棣举起马鞭向河堤后挥动，口中还大喊着：“援军快过来，擒拿李景隆。”李景隆看不到河堤那边是否有援军，听朱棣如此一喊，便信以为真，李景隆慌忙大喊：“有伏兵，撤，快撤。”朝廷军听了李景隆的命令，撤了回去。朱棣见李景隆上当，与朱高煦趁机率军逃走了。
撤退了的李景隆得知上了朱棣的当，恼羞成怒。李景隆于傍晚又派瞿能父子率兵进攻燕军。尚未缓过来的燕军依旧不敌瞿能父子的冲杀，瞿能父子所向披靡，燕军几近崩溃，瞿能看了一眼筋疲力竭的朱棣，大喊一声：“燕贼力竭难支，快去擒拿燕贼。灭燕，灭燕。”朝廷军大声应和着：“灭燕！灭燕！”伴随着“灭燕”的口号，朝廷军猛扑过来，正在朱棣性命危在旦夕之时，却刮起了一阵怪风，逆风而战的朝廷军在狂风乱沙当中几乎睁不开眼睛，就听咔嚓一声响，众人眯着眼看去，李景隆的帅旗已被大风吹折，朝廷军人人大惊失色，如此不祥之兆让朝廷军心神不宁。朱棣见此情景，面露喜色，大喊一声：“马煜，放火。”马煜领命，顺着风放了一把火，大火顺着风势向朝廷军袭来，朝廷军顿时乱了阵脚，朱棣趁势下令发起猛攻，这阵怪风让战势陡转，方才还节节败退的燕军顿时士气大增，朱棣带领燕军奋力拼杀，朝廷军溃不成军，瞿能父子也最终被斩杀于阵中。此战下来，朝廷军死伤十万余。几番险些丢了性命的朱棣此时已是身披数创，可无论如何，朱棣终于取得了白沟河大战的胜利，筋疲力竭的朱棣回头望去，那白沟河水已被鲜血染红，